More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4001 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 357 aa  719    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  98.11 
 
 		 379 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  93.2 
 
 		 306 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  66.67 
 
 		 596 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  65.41 
 
 		 590 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  64.15 
 
 		 590 aa  408  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  64.15 
 
 		 584 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  62.58 
 
 		 582 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  62.58 
 
 		 592 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  61.32 
 
 		 601 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.1 
 
 		 584 aa  276  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.71 
 
 		 585 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.88 
 
 		 585 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.71 
 
 		 585 aa  276  4e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.88 
 
 		 585 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  52.33 
 
 		 584 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.71 
 
 		 583 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.15 
 
 		 584 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  47.35 
 
 		 584 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.39 
 
 		 581 aa  272  6e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.17 
 
 		 583 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.47 
 
 		 580 aa  268  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45 
 
 		 590 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.93 
 
 		 572 aa  265  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.35 
 
 		 632 aa  254  2.0000000000000002e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.11 
 
 		 590 aa  247  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.63 
 
 		 605 aa  243  3e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  40.51 
 
 		 409 aa  236  4e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.17 
 
 		 606 aa  230  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.15 
 
 		 611 aa  222  8e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.44 
 
 		 599 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  46.32 
 
 		 284 aa  209  5e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.22 
 
 		 797 aa  208  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.44 
 
 		 883 aa  199  5e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.13 
 
 		 766 aa  197  3e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.09 
 
 		 773 aa  192  8e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.85 
 
 		 786 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 		 612 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.78 
 
 		 594 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.78 
 
 		 594 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.18 
 
 		 612 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.62 
 
 		 612 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.77 
 
 		 753 aa  173  5e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.95 
 
 		 633 aa  171  2e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  39.42 
 
 		 254 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.87 
 
 		 613 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.87 
 
 		 613 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.58 
 
 		 615 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.99 
 
 		 613 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.73 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  40.53 
 
 		 475 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.85 
 
 		 616 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.18 
 
 		 616 aa  166  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.23 
 
 		 613 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.17 
 
 		 610 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 		 633 aa  162  7e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.54 
 
 		 598 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.29 
 
 		 734 aa  160  4e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  39.27 
 
 		 356 aa  156  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.55 
 
 		 637 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  35.17 
 
 		 352 aa  153  5e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.46 
 
 		 587 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.46 
 
 		 610 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 		 437 aa  152  7e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.2 
 
 		 627 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  36.21 
 
 		 367 aa  150  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 		 676 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  37.55 
 
 		 371 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  36.6 
 
 		 416 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  30.3 
 
 		 362 aa  140  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  30.3 
 
 		 360 aa  139  6e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  31.37 
 
 		 603 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  36.86 
 
 		 410 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  35.09 
 
 		 454 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.47 
 
 		 848 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 		 256 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  37.17 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  36.73 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  32.88 
 
 		 260 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.39 
 
 		 599 aa  133  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  35.93 
 
 		 475 aa  133  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  36 
 
 		 419 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  33.77 
 
 		 340 aa  132  9e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  36.36 
 
 		 283 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 		 427 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.5 
 
 		 800 aa  130  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  33.19 
 
 		 413 aa  129  6e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  38.82 
 
 		 385 aa  129  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  35.93 
 
 		 265 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  32.92 
 
 		 568 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  34.76 
 
 		 413 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  36.48 
 
 		 402 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  36.55 
 
 		 357 aa  126  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  32.88 
 
 		 257 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  33.49 
 
 		 252 aa  126  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  37.22 
 
 		 249 aa  126  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  34.7 
 
 		 332 aa  126  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 1158 aa  126  7e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.02 
 
 		 743 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  33.99 
 
 		 446 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>