More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3988 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  100 
 
 
211 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  98.58 
 
 
211 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  96.21 
 
 
211 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  88.15 
 
 
211 aa  393  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  89.1 
 
 
211 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  86.73 
 
 
211 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  86.26 
 
 
211 aa  384  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  80.57 
 
 
211 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  81.99 
 
 
211 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  80.57 
 
 
211 aa  359  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  54.37 
 
 
218 aa  225  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  53.17 
 
 
219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  53.17 
 
 
219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  52.68 
 
 
219 aa  214  8e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
219 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
219 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
219 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
219 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
219 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
219 aa  213  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 
217 aa  211  3.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  52.68 
 
 
206 aa  210  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  52.2 
 
 
219 aa  210  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  50.5 
 
 
241 aa  210  1e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.68 
 
 
206 aa  210  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.68 
 
 
206 aa  210  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  49.51 
 
 
225 aa  207  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  50 
 
 
225 aa  205  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  51.18 
 
 
238 aa  205  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.24 
 
 
211 aa  203  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.29 
 
 
227 aa  203  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  51.71 
 
 
217 aa  202  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  51.22 
 
 
215 aa  202  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.97 
 
 
213 aa  201  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  51.46 
 
 
225 aa  201  6e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  50.96 
 
 
204 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  50.49 
 
 
226 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  48.54 
 
 
225 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  49.03 
 
 
225 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  50.24 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  50.72 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  48.54 
 
 
225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  48.54 
 
 
225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  50.24 
 
 
217 aa  195  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.57 
 
 
225 aa  194  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.97 
 
 
218 aa  194  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  48.15 
 
 
215 aa  193  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.09 
 
 
225 aa  192  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  48.53 
 
 
226 aa  192  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.53 
 
 
212 aa  192  3e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.24 
 
 
223 aa  192  3e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  47.8 
 
 
223 aa  190  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  49.02 
 
 
225 aa  190  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.09 
 
 
225 aa  190  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.14 
 
 
219 aa  189  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  47.8 
 
 
223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.26 
 
 
223 aa  188  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  46.41 
 
 
223 aa  187  7e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  47.09 
 
 
225 aa  187  9e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.57 
 
 
217 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  47.55 
 
 
217 aa  186  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.57 
 
 
217 aa  186  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.34 
 
 
221 aa  186  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  48.54 
 
 
225 aa  186  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  47.39 
 
 
215 aa  184  8e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  48.78 
 
 
222 aa  184  9e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  43.27 
 
 
223 aa  184  9e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  48.82 
 
 
216 aa  184  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  46.05 
 
 
245 aa  183  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  46.45 
 
 
217 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  44.17 
 
 
218 aa  181  7e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  44.98 
 
 
223 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  44.98 
 
 
223 aa  180  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  49.51 
 
 
222 aa  179  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  48.11 
 
 
233 aa  179  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  46.6 
 
 
225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.45 
 
 
215 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  46.45 
 
 
215 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  44.98 
 
 
219 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  44.5 
 
 
223 aa  177  9e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  44.02 
 
 
223 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  46.26 
 
 
256 aa  177  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  44.02 
 
 
223 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1988  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.45 
 
 
237 aa  176  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.145306  normal  0.940926 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.97 
 
 
250 aa  174  7e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  42.23 
 
 
219 aa  174  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  43.66 
 
 
561 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  43.41 
 
 
222 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.86 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  44.76 
 
 
548 aa  172  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  44.66 
 
 
217 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  43.4 
 
 
229 aa  172  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  45.75 
 
 
224 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.46 
 
 
250 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  46.33 
 
 
225 aa  169  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2291  pseudouridine synthase  44.98 
 
 
237 aa  167  9e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.339211 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>