More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3885 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1826  isochorismatase superfamily hydrolase  100 
 
 
196 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.436754  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3885  isochorismatase hydrolase  100 
 
 
196 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1404  isochorismatase hydrolase  98.47 
 
 
196 aa  400  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00231254  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1434  isochorismatase hydrolase  93.88 
 
 
196 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0935045  normal  0.33777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1718  isochorismatase hydrolase  68.37 
 
 
196 aa  277  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.854731  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2039  isochorismatase family protein  65.82 
 
 
196 aa  263  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22229  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1849  isochorismatase hydrolase  63.78 
 
 
196 aa  255  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.605673 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42820  isochorismatase family hydrolase  58.76 
 
 
198 aa  238  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2741  isochorismatase hydrolase  64.14 
 
 
198 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0122139  normal  0.603247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3595  hypothetical protein  58.76 
 
 
198 aa  236  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23720  Isochorismatase hydrolase protein  56.99 
 
 
197 aa  221  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2225  isochorismatase hydrolase  46.15 
 
 
202 aa  166  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19915  normal  0.0825967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0336  isochorismatase hydrolase  45.79 
 
 
223 aa  156  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.499522  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1914  isochorismatase hydrolase  44.67 
 
 
203 aa  145  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2598  isochorismatase hydrolase  40.57 
 
 
181 aa  136  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5288  hypothetical protein  42.41 
 
 
198 aa  134  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.202745 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2477  isochorismatase hydrolase  40.57 
 
 
193 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00508365  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2540  isochorismatase hydrolase  37.97 
 
 
198 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.417405  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0481  isochorismatase hydrolase  48.12 
 
 
210 aa  132  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.694975  hitchhiker  0.0021355 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3884  isochorismatase hydrolase  41.67 
 
 
199 aa  132  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1616  isochorismatase hydrolase  42.86 
 
 
206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.743005  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1742  isochorismatase hydrolase  40 
 
 
193 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0052  isochorismatase hydrolase  37.88 
 
 
201 aa  127  8.000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.450021 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0044  isochorismatase hydrolase  37.88 
 
 
201 aa  126  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3854  isochorismatase hydrolase  40.1 
 
 
199 aa  125  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.320846  normal  0.278018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4163  isochorismatase hydrolase  39.58 
 
 
199 aa  124  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.256944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0813  isochorismatase hydrolase  40.84 
 
 
199 aa  124  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255569 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3931  isochorismatase hydrolase  38.46 
 
 
199 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.835033  normal  0.1743 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3990  isochorismatase hydrolase  38.46 
 
 
199 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3916  isochorismatase hydrolase  38.46 
 
 
199 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.664242  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0290  isochorismatase hydrolase  35.03 
 
 
181 aa  122  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0721  isochorismatase hydrolase  37.22 
 
 
182 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000150785 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5247  isochorismatase hydrolase  38.95 
 
 
196 aa  119  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.860702 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0675  putative isochorismatase  35.45 
 
 
200 aa  119  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.286103  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2042  isochorismatase hydrolase  38.38 
 
 
207 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.40855  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0340  isochorismatase family protein  36.36 
 
 
187 aa  118  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0383  isochorismatase family protein  36.36 
 
 
187 aa  118  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0283  isochorismatase (isochorismatase hydrolase) (2,3 dihydro-2,3 dihydroxybenzoate synthase)  35.23 
 
 
187 aa  117  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4964  isochorismatase family protein  34.46 
 
 
181 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0296  isochorismatase family protein  35.23 
 
 
187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0280  isochorismatase (isochorismatase hydrolase) (2,3 dihydro-2,3 dihydroxybenzoate synthase)  35.23 
 
 
187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0356  isochorismatase family protein  35.23 
 
 
181 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0342  isochorismatase family protein  35.23 
 
 
187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0311  isochorismatase family protein  35.23 
 
 
187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1488  isochorismatase hydrolase  40.24 
 
 
182 aa  115  5e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.151105 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1859  isochorismatase family protein  39.29 
 
 
181 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.188481  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1867  isochorismatase hydrolase  42.6 
 
 
186 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0367476  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0291  isochorismatase hydrolase  34.66 
 
 
181 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3440  isochorismatase hydrolase  38.89 
 
 
182 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.410792 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4313  isochorismatase hydrolase  39.09 
 
 
199 aa  112  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.168777  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3430  isochorismatase hydrolase  36.93 
 
 
184 aa  111  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000128039 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0018  isochorismatase family protein  33.15 
 
 
185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.967692 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04773  isochorismatase  35.68 
 
 
210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3964  isochorismatase hydrolase  33 
 
 
231 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0487  isochorismatase hydrolase  32.5 
 
 
231 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3781  isochorismatase hydrolase  32.5 
 
 
231 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3018  isochorismatase hydrolase  31.82 
 
 
181 aa  107  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.121464  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4750  isochorismatase hydrolase  37.3 
 
 
186 aa  107  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0775473 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1549  isochorismatase hydrolase  35.56 
 
 
185 aa  105  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.402017  normal  0.200297 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2275  isochorismatase hydrolase  35.81 
 
 
199 aa  105  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3837  isochorismatase hydrolase  31.5 
 
 
231 aa  104  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3936  isochorismatase hydrolase  35.43 
 
 
203 aa  103  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3108  isochorismatase hydrolase  34.29 
 
 
228 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.390914 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0283  isochorismatase family protein family  35.68 
 
 
216 aa  102  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00790  Isochorismatase hydrolase  34.09 
 
 
187 aa  102  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2676  isochorismatase hydrolase  37.5 
 
 
182 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1197  isochorismatase hydrolase  32.49 
 
 
207 aa  102  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.788349  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0170  isochorismatase hydrolase  34.16 
 
 
218 aa  101  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2236  isochorismatase hydrolase  34.48 
 
 
199 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3627  isochorismatase hydrolase  34.29 
 
 
211 aa  99.8  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4740  isochorismatase hydrolase  34.29 
 
 
211 aa  99.8  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2126  isochorismatase hydrolase  34.27 
 
 
182 aa  99.4  3e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.996682  normal  0.575884 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5543  isochorismatase hydrolase  34.29 
 
 
203 aa  99  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.540785  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2348  amidase  33.73 
 
 
180 aa  98.2  7e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0331088  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4420  isochorismatase hydrolase  36.08 
 
 
199 aa  97.4  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4208  isochorismatase hydrolase  31.43 
 
 
234 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5042  isochorismatase hydrolase  34.44 
 
 
184 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00512316 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3945  isochorismatase hydrolase  37.86 
 
 
200 aa  94.4  9e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4549  isochorismatase hydrolase  31.43 
 
 
289 aa  93.2  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  0.388724 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1917  isochorismatase hydrolase  37.21 
 
 
190 aa  92.8  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1200  isochorismatase family protein  32.58 
 
 
191 aa  92.4  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.474191  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1017  isochorismatase hydrolase  32 
 
 
203 aa  90.9  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.802733  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3001  isochorismatase hydrolase  33.89 
 
 
185 aa  90.5  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439517  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3075  isochorismatase hydrolase  32.4 
 
 
212 aa  90.9  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2266  isochorismatase hydrolase  29.71 
 
 
187 aa  90.5  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2952  isochorismatase hydrolase  29.71 
 
 
185 aa  89.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.2688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2755  putative isochorismatase  36.05 
 
 
228 aa  90.1  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0569  isochorismatase family protein  29.14 
 
 
182 aa  89.4  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0754986  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2233  isochorismatase superfamily hydrolase  42.77 
 
 
182 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.668732 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5755  isochorismatase hydrolase  32.76 
 
 
180 aa  89.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.066854  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3819  isochorismatase hydrolase  32.76 
 
 
180 aa  89.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4549  isochorismatase hydrolase  32.76 
 
 
180 aa  89.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.524921 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2188  isochorismatase hydrolase  37.41 
 
 
186 aa  88.6  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288867  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2530  isochorismatase hydrolase  31.87 
 
 
190 aa  89  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3208  isochorismatase hydrolase  32.22 
 
 
195 aa  89  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.408182  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1976  isochorismatase hydrolase  37.41 
 
 
186 aa  88.6  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.421533  normal  0.80757 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1846  isochorismatase hydrolase  37.65 
 
 
187 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0255835  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2640  isochorismatase hydrolase  33.15 
 
 
221 aa  87.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1215  isochorismatase hydrolase  33.15 
 
 
185 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0306  GCN5-related N-acetyltransferase  28.74 
 
 
342 aa  87  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>