More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3704 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  99.42 
 
 		 565 aa  1043    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 515 aa  1049    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  79.03 
 
 		 515 aa  847    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  79.81 
 
 		 515 aa  857    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  49.71 
 
 		 532 aa  469  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  48.07 
 
 		 517 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  46.54 
 
 		 517 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  45.77 
 
 		 534 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  46.63 
 
 		 516 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  46.74 
 
 		 518 aa  440  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  46.32 
 
 		 517 aa  438  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 		 517 aa  336  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  37.74 
 
 		 517 aa  333  4e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 		 517 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 		 517 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 526 aa  332  8e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 518 aa  325  1e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 519 aa  315  9.999999999999999e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 499 aa  315  9.999999999999999e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 		 523 aa  313  3.9999999999999997e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 		 519 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  34.77 
 
 		 531 aa  311  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 509 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.42 
 
 		 525 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 		 505 aa  309  8e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.89 
 
 		 527 aa  309  8e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  37.23 
 
 		 503 aa  309  9e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 		 516 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.6 
 
 		 526 aa  307  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 		 518 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.91 
 
 		 520 aa  307  3e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 512 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 		 518 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 		 512 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.35 
 
 		 520 aa  304  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.25 
 
 		 534 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.95 
 
 		 526 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.29 
 
 		 525 aa  303  7.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.02 
 
 		 525 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.55 
 
 		 530 aa  301  2e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 		 1043 aa  300  6e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 662 aa  299  8e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.21 
 
 		 526 aa  299  9e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.74 
 
 		 525 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 518 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 		 516 aa  298  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 		 518 aa  297  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 517 aa  296  5e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  34.54 
 
 		 518 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  35.45 
 
 		 521 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  37.45 
 
 		 509 aa  295  2e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 		 519 aa  294  3e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 		 518 aa  293  3e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.61 
 
 		 515 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 		 518 aa  292  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.45 
 
 		 514 aa  292  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 525 aa  291  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 		 532 aa  291  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  37.47 
 
 		 539 aa  291  2e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 519 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  32.94 
 
 		 556 aa  290  5.0000000000000004e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.35 
 
 		 519 aa  289  7e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0414  AMP-dependent synthetase and ligase  34.73 
 
 		 511 aa  288  2e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 		 502 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 		 511 aa  287  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4073  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 		 535 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0666092  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  34.45 
 
 		 521 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 504 aa  286  8e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 512 aa  286  8e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  35.88 
 
 		 520 aa  286  8e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 525 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 530 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  34.54 
 
 		 520 aa  285  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 487 aa  285  1.0000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  33.73 
 
 		 532 aa  285  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  34.18 
 
 		 545 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  36.75 
 
 		 521 aa  284  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 520 aa  283  4.0000000000000003e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.32 
 
 		 524 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  35.36 
 
 		 502 aa  282  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 511 aa  282  1e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 509 aa  281  1e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  34.56 
 
 		 521 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  35.14 
 
 		 504 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  34.45 
 
 		 521 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 520 aa  281  2e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 		 559 aa  280  4e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  33.92 
 
 		 536 aa  280  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 		 508 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 564 aa  279  7e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  32.42 
 
 		 545 aa  278  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 537 aa  278  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0749  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 512 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  36.24 
 
 		 513 aa  276  6e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 514 aa  276  7e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 534 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 561 aa  275  1.0000000000000001e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  35.1 
 
 		 508 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  33.66 
 
 		 533 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 		 515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>