239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3682 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  99.52 
 
 
417 aa  838    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  75.54 
 
 
417 aa  657    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  92.42 
 
 
418 aa  769    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  90.89 
 
 
417 aa  761    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  100 
 
 
417 aa  844    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  47.04 
 
 
427 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  48.9 
 
 
429 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  46.83 
 
 
427 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  48.66 
 
 
429 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  48.41 
 
 
429 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  46.62 
 
 
429 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  47.7 
 
 
421 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  45.93 
 
 
421 aa  363  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  47.7 
 
 
421 aa  363  4e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  43.52 
 
 
463 aa  346  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  43.58 
 
 
460 aa  346  5e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  43.4 
 
 
433 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  45.43 
 
 
422 aa  339  7e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  42.69 
 
 
433 aa  338  9e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  42.79 
 
 
433 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  45.22 
 
 
442 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  43.54 
 
 
433 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  44.62 
 
 
447 aa  334  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  43.06 
 
 
429 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  43.63 
 
 
439 aa  333  4e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  44.74 
 
 
412 aa  331  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  46.84 
 
 
416 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  43.57 
 
 
439 aa  330  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  42.45 
 
 
431 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  44.08 
 
 
421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  45.89 
 
 
416 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  42.92 
 
 
431 aa  326  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  42.33 
 
 
439 aa  325  7e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  44.29 
 
 
445 aa  325  9e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  44.83 
 
 
416 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  42.69 
 
 
423 aa  323  5e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  42.69 
 
 
441 aa  322  6e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  41.82 
 
 
440 aa  321  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  42.35 
 
 
443 aa  321  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  45.63 
 
 
416 aa  316  6e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  43 
 
 
408 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  43.6 
 
 
416 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  45.34 
 
 
409 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  40.76 
 
 
457 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  41.47 
 
 
408 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  45.1 
 
 
409 aa  310  4e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2927  outer membrane porin OprE  40.45 
 
 
443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0534215  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  41.24 
 
 
440 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  41.31 
 
 
427 aa  308  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  42.42 
 
 
437 aa  307  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  43.86 
 
 
416 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  44.11 
 
 
416 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  39.76 
 
 
420 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  43.61 
 
 
416 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  39.29 
 
 
420 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  41.51 
 
 
440 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  40.83 
 
 
411 aa  301  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  40 
 
 
410 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  40.9 
 
 
427 aa  299  6e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10640  OprE-like outer membrane porin  39.64 
 
 
456 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0112866  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  41.28 
 
 
443 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  39.51 
 
 
417 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  39.81 
 
 
418 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  42.86 
 
 
416 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  41.25 
 
 
418 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  41.08 
 
 
423 aa  297  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  39.51 
 
 
410 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  41.32 
 
 
423 aa  296  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  39.51 
 
 
410 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  40.76 
 
 
418 aa  295  9e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  41.69 
 
 
417 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  41.36 
 
 
426 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  40.74 
 
 
422 aa  288  9e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  38 
 
 
418 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  39.27 
 
 
417 aa  285  7e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.77 
 
 
430 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  39.65 
 
 
395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  39.85 
 
 
422 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  39.16 
 
 
422 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  38.7 
 
 
424 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  40.74 
 
 
418 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  40.8 
 
 
415 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  41.94 
 
 
417 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  39.66 
 
 
417 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19070  outer membrane porin, OprE-like protein  40.33 
 
 
442 aa  281  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  41.25 
 
 
416 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  40.35 
 
 
419 aa  280  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  39.42 
 
 
417 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  40.15 
 
 
418 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  40.25 
 
 
418 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  39.8 
 
 
424 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  39.21 
 
 
430 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  39.21 
 
 
430 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  38.96 
 
 
430 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  40.14 
 
 
428 aa  267  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  38.37 
 
 
431 aa  265  8e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0258  outer membrane porin  39.35 
 
 
442 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103273  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  37.96 
 
 
412 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  37.02 
 
 
416 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  37.47 
 
 
412 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>