More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3349 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  99.1 
 
 		 222 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  97.27 
 
 		 222 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  86.43 
 
 		 222 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  86.43 
 
 		 222 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  87.67 
 
 		 222 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  84.93 
 
 		 223 aa  374  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  84.93 
 
 		 223 aa  371  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  84.47 
 
 		 222 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  80.82 
 
 		 221 aa  353  7.999999999999999e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1354  two comoponent transcriptional regulator  66.36 
 
 		 219 aa  288  5.0000000000000004e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.12417  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.01 
 
 		 221 aa  250  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.45 
 
 		 220 aa  247  1e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  56.28 
 
 		 221 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0660  two component transcriptional regulator  50.89 
 
 		 224 aa  232  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000270487 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3511  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 224 aa  231  6e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699106  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 219 aa  228  7e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 219 aa  228  7e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 219 aa  228  7e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0583  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 224 aa  228  7e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0841609  normal  0.467543 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.7 
 
 		 219 aa  227  9e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3875  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 224 aa  227  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000754116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 219 aa  226  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 220 aa  226  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 220 aa  226  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 220 aa  226  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 221 aa  225  3e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0622  DNA-binding response regulator  51.13 
 
 		 224 aa  224  6e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  52.78 
 
 		 220 aa  224  7e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0616  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 224 aa  224  7e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0199047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3414  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 224 aa  224  7e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00145574  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0615  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 224 aa  224  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124209  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0650  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 224 aa  223  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000493918  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3006  response regulator receiver protein  50.68 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3692  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 224 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0674602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0576  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 224 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00494054  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3749  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 224 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.545663  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3875  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 224 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000900168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3294  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  49.77 
 
 		 224 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0118223  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  50 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  49.3 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1311  two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.46 
 
 		 236 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 227 aa  210  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  53.02 
 
 		 223 aa  210  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 225 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1585  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 220 aa  210  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.346975  normal  0.0159834 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  51.58 
 
 		 222 aa  209  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.78 
 
 		 222 aa  209  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  46.4 
 
 		 229 aa  209  3e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  49.3 
 
 		 225 aa  208  5e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 223 aa  207  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 227 aa  207  7e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.61 
 
 		 225 aa  207  8e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  48.42 
 
 		 221 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.69 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  50.7 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.69 
 
 		 225 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.44 
 
 		 223 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 229 aa  206  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  47.69 
 
 		 225 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  48.62 
 
 		 223 aa  205  3e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  45.95 
 
 		 229 aa  205  4e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  48.84 
 
 		 225 aa  205  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.98 
 
 		 223 aa  205  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  46.51 
 
 		 230 aa  204  6e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 		 222 aa  204  6e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  52.09 
 
 		 226 aa  203  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.17 
 
 		 224 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  51.16 
 
 		 220 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 235 aa  203  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  51.16 
 
 		 220 aa  202  3e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  47.69 
 
 		 223 aa  201  8e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.51 
 
 		 222 aa  201  8e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 223 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.54 
 
 		 221 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 224 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  52.05 
 
 		 226 aa  199  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  48.84 
 
 		 221 aa  199  3e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 221 aa  198  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  46.58 
 
 		 224 aa  197  7.999999999999999e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 226 aa  197  9e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  46.05 
 
 		 221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  195  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 221 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  47.95 
 
 		 224 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.85 
 
 		 221 aa  192  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  49.3 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  48.85 
 
 		 221 aa  192  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  44.75 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 226 aa  193  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.85 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  45.66 
 
 		 243 aa  192  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>