More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3312 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
281 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
281 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  95.64 
 
 
277 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  93.12 
 
 
277 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  65.93 
 
 
284 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  65.2 
 
 
284 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  58.05 
 
 
276 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  59.46 
 
 
279 aa  296  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  39.85 
 
 
279 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  44.4 
 
 
264 aa  206  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  46.38 
 
 
278 aa  204  1e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 
276 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.74 
 
 
277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  39.33 
 
 
277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  39.93 
 
 
275 aa  195  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  39.03 
 
 
278 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  38.43 
 
 
276 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  39.47 
 
 
312 aa  188  8e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  37.68 
 
 
280 aa  188  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  40.61 
 
 
275 aa  188  9e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  39.62 
 
 
275 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  38.99 
 
 
278 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  38.99 
 
 
278 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  35.38 
 
 
278 aa  185  7e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.39 
 
 
278 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  37.87 
 
 
278 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  39.35 
 
 
283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 
278 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 
278 aa  183  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  37.45 
 
 
278 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  38.63 
 
 
278 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 
271 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 
278 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3613  transcriptional regulator, AraC family  36.76 
 
 
278 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.522508  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 
303 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 
300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  35.49 
 
 
300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  40.51 
 
 
355 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  35.66 
 
 
284 aa  169  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 
274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  36.58 
 
 
278 aa  162  6e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 
306 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 
306 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  35.84 
 
 
299 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 
306 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  35.32 
 
 
285 aa  158  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 
273 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 
277 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 
275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  38.11 
 
 
274 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  32.69 
 
 
283 aa  149  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 
278 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1791  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 
277 aa  145  9e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 
280 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 
280 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 
280 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  38.08 
 
 
275 aa  142  6e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 
280 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  37.31 
 
 
281 aa  142  8e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
290 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
290 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  33.57 
 
 
279 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
432 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
432 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
432 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
432 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  32.97 
 
 
432 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 
276 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
276 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
276 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
276 aa  139  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.33 
 
 
270 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  35.5 
 
 
278 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  34.3 
 
 
313 aa  136  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.97 
 
 
273 aa  136  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 
278 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  33.92 
 
 
297 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6122  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 
280 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0193396  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  34.56 
 
 
274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0320  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 
281 aa  129  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.996721  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  32.95 
 
 
264 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 
284 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2317  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 
284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 
272 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 
264 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2430  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 
276 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 
269 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  34.08 
 
 
266 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 
279 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 
278 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 
279 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3265  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 
276 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60832  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  33.21 
 
 
274 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2631  transcriptional regulator, AraC family  34.73 
 
 
282 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  29.72 
 
 
265 aa  123  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 
267 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 
288 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2075  AraC family transcriptional regulator  34.73 
 
 
278 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>