More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3264 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  98.37 
 
 		 307 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  95.79 
 
 		 309 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  80.14 
 
 		 296 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  68.26 
 
 		 296 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 296 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 307 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  64 
 
 		 319 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  60.78 
 
 		 311 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  59.26 
 
 		 321 aa  341  1e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 304 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 306 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  53.16 
 
 		 306 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.19 
 
 		 307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  52 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  51.53 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 299 aa  275  7e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 323 aa  259  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 302 aa  252  6e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 305 aa  242  7e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  40.52 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 308 aa  238  8e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  39.74 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 309 aa  233  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 313 aa  231  8.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 319 aa  231  9e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  43.09 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  43.09 
 
 		 304 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 308 aa  229  5e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 308 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 309 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  39.66 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 331 aa  225  7e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 331 aa  225  8e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 323 aa  219  6e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  37.91 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  35.17 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 311 aa  195  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  35.52 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 327 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.22 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 327 aa  169  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 327 aa  169  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  35.79 
 
 		 310 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 302 aa  165  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 310 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>