More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3232 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  100 
 
 
302 aa  601  1e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  96.03 
 
 
302 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  93.38 
 
 
302 aa  563  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  82.78 
 
 
302 aa  492  1e-138  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  66 
 
 
306 aa  374  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  65.33 
 
 
308 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  65 
 
 
308 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  66 
 
 
305 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  66.33 
 
 
306 aa  348  6e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  59.87 
 
 
309 aa  322  7e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  58.72 
 
 
312 aa  318  5e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  60.07 
 
 
308 aa  318  6e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  57.38 
 
 
310 aa  318  8e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  59.73 
 
 
308 aa  318  9e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  59.06 
 
 
311 aa  303  3e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  59.06 
 
 
311 aa  302  5e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  59.06 
 
 
311 aa  302  5e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  61.25 
 
 
297 aa  298  9e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  60.62 
 
 
310 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  59.4 
 
 
309 aa  285  6e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  61.74 
 
 
324 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  61.41 
 
 
324 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  52.68 
 
 
321 aa  269  5e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2023  ribokinase  61.25 
 
 
297 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  53.69 
 
 
321 aa  268  7e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  51.68 
 
 
315 aa  266  4e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  52.53 
 
 
309 aa  261  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  54.86 
 
 
295 aa  261  8e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  52.53 
 
 
309 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  53.54 
 
 
308 aa  254  2e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  53.72 
 
 
304 aa  252  6e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  52.03 
 
 
305 aa  247  1e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  45.95 
 
 
301 aa  244  1e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  47.81 
 
 
299 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  44.97 
 
 
307 aa  238  7e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  51.84 
 
 
308 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  51.84 
 
 
308 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  47.35 
 
 
308 aa  236  4e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  51.84 
 
 
308 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  45.67 
 
 
305 aa  234  9e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  40.73 
 
 
311 aa  233  2e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  47.78 
 
 
305 aa  232  6e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  42.23 
 
 
304 aa  230  2e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  40.46 
 
 
310 aa  227  2e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  6.77641e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  44.75 
 
 
308 aa  226  3e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  40.46 
 
 
310 aa  225  5e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  48.33 
 
 
302 aa  219  4e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  46.55 
 
 
315 aa  219  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  40.55 
 
 
305 aa  218  9e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  40.24 
 
 
345 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  38.33 
 
 
290 aa  217  2e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  41.5 
 
 
317 aa  216  4e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  42.19 
 
 
301 aa  215  7e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  39.06 
 
 
309 aa  215  9e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  44.67 
 
 
305 aa  214  1e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  44.78 
 
 
299 aa  213  3e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  44 
 
 
305 aa  212  7e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  45.05 
 
 
313 aa  212  7e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  44.67 
 
 
307 aa  211  8e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  42.09 
 
 
308 aa  212  8e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  42.09 
 
 
308 aa  212  8e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  41.75 
 
 
302 aa  211  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.42042e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  42.09 
 
 
308 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  41.75 
 
 
308 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  37.75 
 
 
306 aa  210  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  42.81 
 
 
319 aa  210  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  2.12257e-05  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  41.67 
 
 
302 aa  209  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  40.4 
 
 
306 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  39.19 
 
 
307 aa  208  1e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  4.22627e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  40.4 
 
 
306 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  40.4 
 
 
306 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  40.4 
 
 
306 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  40.4 
 
 
306 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  40.2 
 
 
307 aa  207  2e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  1.50833e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  36.49 
 
 
308 aa  207  2e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  2.34776e-14 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  42.09 
 
 
310 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  43.1 
 
 
318 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  8.86041e-07 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  42.23 
 
 
295 aa  206  3e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  40.26 
 
 
303 aa  206  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  43 
 
 
306 aa  206  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  41.86 
 
 
302 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  36.24 
 
 
340 aa  206  4e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  42.43 
 
 
302 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  39.07 
 
 
304 aa  205  7e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  39.07 
 
 
304 aa  205  7e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  41.86 
 
 
303 aa  205  9e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  41.86 
 
 
303 aa  205  9e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  41.53 
 
 
303 aa  204  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  41.72 
 
 
303 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4200  ribokinase  44.11 
 
 
326 aa  204  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  41.72 
 
 
303 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  41.72 
 
 
303 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  41.39 
 
 
303 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  40.47 
 
 
297 aa  201  9e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  2.25274e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  42.42 
 
 
308 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3470  ribokinase  45.35 
 
 
315 aa  201  1e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.973567  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3738  carbohydrate kinase  45.35 
 
 
315 aa  201  1e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0822309  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  39.67 
 
 
308 aa  201  1e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  40.67 
 
 
309 aa  201  1e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  41.75 
 
 
308 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>