51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3138 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3138  hypothetical protein  100 
 
 
176 aa  354  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2578  hypothetical protein  97.16 
 
 
176 aa  344  5e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130696  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3287  hypothetical protein  94.83 
 
 
178 aa  280  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.762664 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2579  hypothetical protein  50.29 
 
 
191 aa  165  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.621383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2832  hypothetical protein  48.45 
 
 
183 aa  159  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.766034  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3180  lipoprotein, putative  35.45 
 
 
207 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3046  hypothetical protein  35.23 
 
 
207 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.796041  normal  0.0181531 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  31.84 
 
 
208 aa  90.9  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0710  hypothetical protein  35.37 
 
 
238 aa  86.3  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0677  hypothetical protein  35.37 
 
 
239 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204159  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0625  hypothetical protein  35.98 
 
 
240 aa  84.7  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435543  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0601  hypothetical protein  35.98 
 
 
242 aa  84  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391552  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0226  hypothetical protein  34.76 
 
 
238 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3798  hypothetical protein  33.54 
 
 
240 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.860154  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2675  hypothetical protein  34.39 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681553  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1267  hypothetical protein  35.77 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3383  hypothetical protein  36.5 
 
 
256 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2377  putative lipoprotein  36.5 
 
 
256 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2560  putative lipoprotein  36.5 
 
 
252 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3341  hypothetical protein  36.5 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1153  putative lipoprotein  36.5 
 
 
256 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0291  putative lipoprotein  36.5 
 
 
252 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6815  hypothetical protein  31.22 
 
 
215 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655082  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3375  putative lipoprotein  35.77 
 
 
252 aa  72  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203626  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0710  protein of unknown function DUF330  33.58 
 
 
248 aa  71.2  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4001  hypothetical protein  32.84 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  33.51 
 
 
192 aa  68.2  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5279  hypothetical protein  32.95 
 
 
233 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  29.53 
 
 
196 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3534  hypothetical protein  27.18 
 
 
253 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0808039  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  30.69 
 
 
201 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5803  hypothetical protein  30.41 
 
 
236 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000107973  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0600  hypothetical protein  32.03 
 
 
211 aa  62  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  30.15 
 
 
197 aa  59.7  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000082506 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2536  hypothetical protein  31.14 
 
 
233 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2126  putative lipoprotein  29.78 
 
 
233 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863972  normal  0.08915 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  31.85 
 
 
196 aa  58.5  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  27.37 
 
 
188 aa  56.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  30.77 
 
 
204 aa  55.8  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  29.05 
 
 
212 aa  54.7  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  25.4 
 
 
203 aa  54.7  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0516  protein of unknown function DUF330  27.39 
 
 
222 aa  53.9  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1982  putative lipoprotein  25 
 
 
195 aa  53.9  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0024934  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0529  hypothetical protein  27.39 
 
 
222 aa  53.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3241  protein of unknown function DUF330  29.2 
 
 
199 aa  51.6  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2680  putative lipoprotein  29.12 
 
 
207 aa  50.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208689  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2892  protein of unknown function DUF330  27.44 
 
 
210 aa  48.1  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.529816  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0578  hypothetical protein  28.3 
 
 
195 aa  47.8  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.410916  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1055  protein of unknown function DUF330  26.63 
 
 
198 aa  47  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0041  protein of unknown function DUF330  32.61 
 
 
197 aa  44.7  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  32.53 
 
 
209 aa  43.9  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>