91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3122 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 271 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  96.68 
 
 		 271 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  92.99 
 
 		 271 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  88.19 
 
 		 271 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  75.65 
 
 		 271 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  72.86 
 
 		 271 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  66.17 
 
 		 271 aa  298  9e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  47.92 
 
 		 278 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  45.59 
 
 		 273 aa  238  6.999999999999999e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  47.08 
 
 		 270 aa  219  5e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  46.99 
 
 		 287 aa  209  6e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  43.66 
 
 		 277 aa  205  7e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  41.11 
 
 		 275 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  42.05 
 
 		 276 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  36.6 
 
 		 285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.23 
 
 		 269 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  39.85 
 
 		 269 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  36.86 
 
 		 263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.59 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  38.43 
 
 		 268 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.43 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  35.14 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  37.35 
 
 		 278 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  41.35 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.54 
 
 		 280 aa  122  7e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  35.07 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  36.84 
 
 		 288 aa  102  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  35.37 
 
 		 279 aa  102  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  33.97 
 
 		 270 aa  98.6  9e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  33.97 
 
 		 283 aa  89.4  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  30.42 
 
 		 277 aa  89.4  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  39.2 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  28.35 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  30.8 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.13 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.06 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  28.79 
 
 		 626 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  35.71 
 
 		 477 aa  60.5  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  36.04 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  31.17 
 
 		 687 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.01 
 
 		 628 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.01 
 
 		 628 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 635 aa  55.8  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.65 
 
 		 632 aa  53.9  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.43 
 
 		 627 aa  53.5  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.61 
 
 		 624 aa  53.1  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.17 
 
 		 638 aa  52.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  27.31 
 
 		 617 aa  52.8  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  30.73 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.58 
 
 		 615 aa  50.4  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.46 
 
 		 280 aa  49.7  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.52 
 
 		 630 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.21 
 
 		 628 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  27.54 
 
 		 297 aa  49.7  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  33.6 
 
 		 634 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.83 
 
 		 623 aa  49.3  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  26.12 
 
 		 270 aa  49.3  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.06 
 
 		 305 aa  49.3  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.57 
 
 		 630 aa  48.9  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.25 
 
 		 684 aa  48.9  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.17 
 
 		 687 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.25 
 
 		 684 aa  48.9  0.00009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  31.25 
 
 		 684 aa  48.9  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.25 
 
 		 684 aa  48.9  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.11 
 
 		 287 aa  48.1  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  31.25 
 
 		 684 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.68 
 
 		 630 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  27.37 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  27.37 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.68 
 
 		 630 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  31.25 
 
 		 684 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  27.74 
 
 		 629 aa  48.1  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  27.37 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.68 
 
 		 630 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.87 
 
 		 627 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.87 
 
 		 630 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.87 
 
 		 630 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  32.84 
 
 		 634 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30 
 
 		 630 aa  47  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.41 
 
 		 604 aa  46.6  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.06 
 
 		 630 aa  46.2  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.74 
 
 		 635 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.52 
 
 		 637 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  28.99 
 
 		 629 aa  45.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.82 
 
 		 631 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.54 
 
 		 633 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  26.72 
 
 		 274 aa  43.9  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.88 
 
 		 635 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5789  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.49 
 
 		 285 aa  43.5  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0619484 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  27.47 
 
 		 257 aa  43.5  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>