More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3003 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  99.15 
 
 		 354 aa  681    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  100 
 
 		 354 aa  686    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  83.19 
 
 		 352 aa  514  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  67.47 
 
 		 355 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  65.51 
 
 		 355 aa  387  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  67.09 
 
 		 350 aa  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  66.98 
 
 		 355 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  63.55 
 
 		 347 aa  358  8e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  64.52 
 
 		 347 aa  353  2e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  55.99 
 
 		 358 aa  351  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  54.65 
 
 		 358 aa  350  2e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  65.07 
 
 		 365 aa  348  8e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  54.35 
 
 		 358 aa  346  3e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  54.65 
 
 		 358 aa  345  7e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  63.87 
 
 		 347 aa  345  7e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  64.76 
 
 		 355 aa  332  5e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  54.6 
 
 		 351 aa  329  5.0000000000000004e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  49.71 
 
 		 358 aa  322  6e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  51.62 
 
 		 354 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  48.67 
 
 		 354 aa  314  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  47.37 
 
 		 358 aa  312  4.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  48.4 
 
 		 358 aa  311  9e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  48.54 
 
 		 358 aa  310  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  48.4 
 
 		 358 aa  310  2e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  50.9 
 
 		 368 aa  310  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  50.58 
 
 		 358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  48.54 
 
 		 358 aa  305  7e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  53.31 
 
 		 354 aa  299  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  61.26 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  47.98 
 
 		 384 aa  296  4e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  50.15 
 
 		 358 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  50.15 
 
 		 358 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  52.72 
 
 		 354 aa  291  1e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  49.85 
 
 		 358 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  47.66 
 
 		 358 aa  288  1e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.61 
 
 		 351 aa  276  5e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  47.71 
 
 		 362 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1436  inner-membrane translocator  54.3 
 
 		 344 aa  250  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.476305  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  41.27 
 
 		 348 aa  203  4e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  39.88 
 
 		 349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  41.51 
 
 		 345 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 357 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  44.37 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 345 aa  192  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  39.82 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  36.62 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 350 aa  183  3e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  36.06 
 
 		 350 aa  182  7e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  38.48 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  39.2 
 
 		 373 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  36.36 
 
 		 357 aa  169  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 357 aa  169  8e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 357 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 349 aa  166  5e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  38.39 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 		 357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  37.23 
 
 		 355 aa  163  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  38.11 
 
 		 358 aa  159  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 358 aa  159  8e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 357 aa  156  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 562 aa  155  8e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 357 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  38.3 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  38.63 
 
 		 358 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 324 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  38.37 
 
 		 381 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 358 aa  150  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 357 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 356 aa  147  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  37.3 
 
 		 357 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 357 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.99 
 
 		 325 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.01 
 
 		 328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 360 aa  129  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 571 aa  127  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 358 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  33.44 
 
 		 593 aa  126  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 319 aa  125  9e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  33.44 
 
 		 593 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 370 aa  123  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.51 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3165  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00338747  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4480  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0477  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 346 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.210882  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  30.87 
 
 		 341 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 415 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 353 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  30.07 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  33.8 
 
 		 338 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>