85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2801 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 		 250 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  98.4 
 
 		 250 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  94.4 
 
 		 250 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  83.6 
 
 		 250 aa  358  6e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  43.04 
 
 		 250 aa  207  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  38.8 
 
 		 253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  37.3 
 
 		 252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  38.8 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  39.84 
 
 		 250 aa  148  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  36.48 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  36.07 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  36.07 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  39.11 
 
 		 252 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  38.87 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  38.71 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  36.51 
 
 		 253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  31.93 
 
 		 265 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  33.46 
 
 		 268 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  32.17 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  32.17 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  32.22 
 
 		 271 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.89 
 
 		 253 aa  102  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  35.92 
 
 		 266 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  36.14 
 
 		 271 aa  98.6  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  36.36 
 
 		 256 aa  95.1  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  34.23 
 
 		 286 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  32.11 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  33.78 
 
 		 286 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  33.47 
 
 		 255 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  34.51 
 
 		 277 aa  92.8  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  31.51 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.98 
 
 		 277 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  32.63 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  32 
 
 		 259 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  32.64 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  31.28 
 
 		 272 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  32.34 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  27.98 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02866  transmembrane regulator protein PrtR  38.85 
 
 		 167 aa  76.3  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.822943  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  30.54 
 
 		 264 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  28.87 
 
 		 269 aa  72  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  35.17 
 
 		 286 aa  72  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  29.07 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  26.77 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  27.43 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.33 
 
 		 260 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  30.6 
 
 		 259 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  32.03 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  29.66 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  31.17 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  28.98 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  25.5 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  30.99 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7160  putative transmembrane anti-sigma factor  26.48 
 
 		 255 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.494902  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6012  putative transmembrane anti-sigma factor  26.91 
 
 		 255 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784619  normal  0.0731526 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  31.37 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  24.23 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  24.71 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  30.33 
 
 		 274 aa  55.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  30.84 
 
 		 126 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  30.39 
 
 		 283 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  27.84 
 
 		 294 aa  52.8  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  27.18 
 
 		 260 aa  52.8  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3821  putative transmembrane anti-sigma factor  28.69 
 
 		 255 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563425 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3094  putative transmembrane anti-sigma factor  29.76 
 
 		 255 aa  51.6  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334579  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  33.33 
 
 		 270 aa  51.6  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  25.52 
 
 		 279 aa  48.9  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  27.36 
 
 		 279 aa  48.1  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6219  transcriptional regulator  27.63 
 
 		 274 aa  48.5  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0474635  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  29.84 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  30.89 
 
 		 274 aa  46.2  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  27.27 
 
 		 266 aa  46.6  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  25.2 
 
 		 275 aa  45.8  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  30.25 
 
 		 274 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  35.06 
 
 		 495 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1375  hypothetical protein  48.21 
 
 		 266 aa  43.9  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  29.08 
 
 		 274 aa  44.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1649  putative transmembrane anti-sigma factor  48.21 
 
 		 256 aa  43.9  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0261743  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  29.41 
 
 		 274 aa  43.5  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02209  putative transmembrane protein  30.09 
 
 		 276 aa  43.5  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.991816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  31.91 
 
 		 274 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  31.91 
 
 		 274 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  31.91 
 
 		 274 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  42 
 
 		 307 aa  42.7  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2976  hypothetical protein  23.79 
 
 		 260 aa  42.4  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>