More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2613 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  92.82 
 
 		 1385 aa  1425    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  93.54 
 
 		 1400 aa  1439    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  78.66 
 
 		 561 aa  806    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 866 aa  1795    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  72.08 
 
 		 1140 aa  867    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  81.84 
 
 		 1386 aa  1278    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  70.14 
 
 		 1229 aa  1031    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  72.61 
 
 		 1409 aa  1162    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  73.07 
 
 		 867 aa  1150    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4997  YD repeat-containing protein  73.3 
 
 		 555 aa  840    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  82.57 
 
 		 1411 aa  1290    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  71.2 
 
 		 480 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  40.29 
 
 		 1410 aa  524  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  40.37 
 
 		 1390 aa  502  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  40.21 
 
 		 1402 aa  499  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  40.34 
 
 		 1418 aa  502  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  40 
 
 		 1531 aa  496  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  70 
 
 		 855 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  38.49 
 
 		 1446 aa  478  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  39.72 
 
 		 1530 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  69.9 
 
 		 451 aa  474  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  38.52 
 
 		 1362 aa  473  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  38.37 
 
 		 1379 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  37.27 
 
 		 1419 aa  461  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  36.86 
 
 		 1421 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  36.79 
 
 		 1586 aa  458  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2612  YD repeat-containing protein  96 
 
 		 497 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  38.38 
 
 		 1348 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  38.78 
 
 		 924 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  38.67 
 
 		 1568 aa  445  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  33.48 
 
 		 1602 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  35.17 
 
 		 1554 aa  418  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  35.16 
 
 		 1520 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  34.61 
 
 		 1359 aa  405  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  35.11 
 
 		 1527 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  35.32 
 
 		 1551 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  34.83 
 
 		 1550 aa  398  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  34.78 
 
 		 1547 aa  398  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  33.79 
 
 		 1560 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  33.69 
 
 		 1609 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  33.21 
 
 		 1573 aa  375  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  35.02 
 
 		 1583 aa  354  4e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  34.2 
 
 		 1614 aa  352  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  33.94 
 
 		 1572 aa  351  3e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  34.33 
 
 		 1611 aa  350  6e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  35.16 
 
 		 1604 aa  344  4e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  32.38 
 
 		 1576 aa  344  5e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  30.43 
 
 		 1620 aa  330  7e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  30.3 
 
 		 1626 aa  325  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  31.53 
 
 		 1586 aa  317  8e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  31.72 
 
 		 1595 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  31.78 
 
 		 1654 aa  298  3e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  29.47 
 
 		 1150 aa  295  3e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  31.35 
 
 		 1149 aa  295  4e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  29.47 
 
 		 1150 aa  294  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.47 
 
 		 1150 aa  293  9e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  29.8 
 
 		 1149 aa  293  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3478  YD repeat-containing protein  38.15 
 
 		 553 aa  293  1e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  29.96 
 
 		 1429 aa  290  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  30.46 
 
 		 1981 aa  288  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  31.26 
 
 		 1319 aa  287  5e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0131  Rhs1 protein  29.13 
 
 		 1150 aa  285  3.0000000000000004e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.462528  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  31.2 
 
 		 1317 aa  280  9e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  28.99 
 
 		 1509 aa  271  2.9999999999999997e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1197 aa  265  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  27.9 
 
 		 1384 aa  256  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  33.44 
 
 		 598 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  29 
 
 		 1488 aa  250  7e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2646  RHS protein  36.42 
 
 		 583 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  28.2 
 
 		 1259 aa  244  5e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  28.68 
 
 		 1485 aa  244  5e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  27.77 
 
 		 1508 aa  244  6e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.61 
 
 		 1527 aa  244  7e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  27.7 
 
 		 1189 aa  241  5.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  28.37 
 
 		 1528 aa  238  4e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  28.36 
 
 		 1365 aa  237  7e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  30.36 
 
 		 1494 aa  235  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  30.36 
 
 		 1494 aa  235  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  28.24 
 
 		 1352 aa  234  6e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  27.76 
 
 		 1388 aa  233  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  27.88 
 
 		 1410 aa  232  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  29.14 
 
 		 1495 aa  226  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  27.71 
 
 		 1417 aa  226  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  27.65 
 
 		 1489 aa  224  4.9999999999999996e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  28.9 
 
 		 1487 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  26.93 
 
 		 1405 aa  221  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  26.97 
 
 		 1495 aa  220  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  27.45 
 
 		 1639 aa  219  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  25.75 
 
 		 1539 aa  218  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  25.67 
 
 		 1539 aa  218  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  26.41 
 
 		 1434 aa  218  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  26.81 
 
 		 1437 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  29.76 
 
 		 1415 aa  216  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  27.39 
 
 		 1600 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  27.17 
 
 		 1505 aa  214  7.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  27.36 
 
 		 1616 aa  209  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.54 
 
 		 1552 aa  208  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25.68 
 
 		 1518 aa  208  4e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.85 
 
 		 1543 aa  207  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  26.88 
 
 		 1411 aa  207  9e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>