More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2562 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3152  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2562  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2703  LysR family transcriptional regulator  98.26 
 
 		 289 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664835 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2893  LysR family transcriptional regulator  96.86 
 
 		 288 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0897253  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2661  transcriptional regulator, LysR family  83.8 
 
 		 292 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.826395  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2395  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  83.45 
 
 		 291 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0377245  normal  0.580313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  83.45 
 
 		 295 aa  503  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  67.36 
 
 		 290 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  67.36 
 
 		 290 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  67.36 
 
 		 290 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  67.36 
 
 		 290 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  67.36 
 
 		 290 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  67.14 
 
 		 293 aa  411  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  67.14 
 
 		 293 aa  411  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 293 aa  411  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  66.78 
 
 		 293 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  66.78 
 
 		 293 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  67.14 
 
 		 293 aa  410  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  66.78 
 
 		 293 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  66.9 
 
 		 292 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  66.78 
 
 		 293 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  66.78 
 
 		 293 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  53.33 
 
 		 296 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  53.68 
 
 		 290 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1558  LysR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 305 aa  301  7.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 290 aa  298  6e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 297 aa  298  8e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  51.04 
 
 		 290 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  52.45 
 
 		 289 aa  296  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  52.45 
 
 		 289 aa  296  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  52.45 
 
 		 289 aa  296  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1385  LysR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 297 aa  275  6e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.134108  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 297 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2410  transcriptional regulator, LysR family  43.31 
 
 		 287 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.975942  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2310  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 287 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0895  putative transcriptional regulator  42.07 
 
 		 284 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899891  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 284 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 305 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10830  LysR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 291 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  41.2 
 
 		 288 aa  202  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 309 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 304 aa  198  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0854  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.78 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  37.22 
 
 		 292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  38.36 
 
 		 302 aa  195  6e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  195  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1652  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0547251  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  37.76 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5127  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 295 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153016  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2646  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 289 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  41.64 
 
 		 292 aa  191  9e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5316  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.680979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 341 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 341 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  41.67 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 341 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 341 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 337 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 321 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  35.54 
 
 		 285 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5034  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0272  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 294 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 283 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 283 aa  166  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 283 aa  160  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8516  transcriptional regulator, LysR family  35.87 
 
 		 312 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 283 aa  159  6e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 283 aa  159  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 283 aa  159  6e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 284 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000391017 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>