More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2545 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 
303 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 
303 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  92.72 
 
 
303 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 
312 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  55.63 
 
 
307 aa  346  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  51.52 
 
 
344 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 
310 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 
307 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 
305 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.1 
 
 
305 aa  232  7.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  43.4 
 
 
293 aa  225  6e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
304 aa  220  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 
309 aa  219  5e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
313 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 
335 aa  212  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
298 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
294 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
322 aa  211  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
289 aa  209  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
296 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 
297 aa  209  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
323 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
323 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 
307 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
300 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 
307 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
294 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 
301 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
296 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
295 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
298 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.51 
 
 
302 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 
298 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 
313 aa  206  5e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
313 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.91 
 
 
302 aa  205  8e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.57 
 
 
307 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
299 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
324 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
289 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.45 
 
 
300 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
323 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
294 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 
295 aa  203  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
306 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
322 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
294 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
322 aa  202  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
324 aa  202  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
351 aa  202  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
351 aa  202  8e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
351 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
351 aa  202  8e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
351 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
351 aa  202  8e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
351 aa  202  8e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  38.91 
 
 
351 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
338 aa  201  9e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 
353 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 
367 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
367 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.4 
 
 
289 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
355 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
295 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 
305 aa  200  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  37.41 
 
 
295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 
349 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
349 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
302 aa  199  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
349 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
303 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
349 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.37 
 
 
303 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.11 
 
 
289 aa  199  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
349 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
362 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
349 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
305 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
349 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
305 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.5 
 
 
298 aa  198  9e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
305 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
292 aa  198  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.43 
 
 
302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>