More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2426 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3299  outer membrane lipoprotein  76.19 
 
 
487 aa  692    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
487 aa  964    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  64.15 
 
 
485 aa  622  1e-177  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  63.94 
 
 
486 aa  588  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  61.81 
 
 
490 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  61.19 
 
 
495 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  60.91 
 
 
486 aa  570  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  62.84 
 
 
481 aa  552  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  61.08 
 
 
486 aa  542  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2191  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  60.08 
 
 
490 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204067  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.7 
 
 
486 aa  536  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6576  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.63 
 
 
486 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189309  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6290  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.79 
 
 
486 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00975739 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  58.71 
 
 
492 aa  514  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6141  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.63 
 
 
486 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.21 
 
 
486 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.780445  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  60.21 
 
 
486 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0398141  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.62 
 
 
501 aa  478  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  58.97 
 
 
489 aa  473  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.55 
 
 
502 aa  470  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.28 
 
 
495 aa  363  5.0000000000000005e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.728729  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.15 
 
 
492 aa  343  5e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.93 
 
 
488 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  34.77 
 
 
503 aa  249  9e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.27 
 
 
495 aa  240  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.93 
 
 
495 aa  237  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.62 
 
 
531 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
495 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.44 
 
 
493 aa  232  1e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  34.71 
 
 
499 aa  228  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.18 
 
 
473 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.8 
 
 
495 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.8 
 
 
495 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.63 
 
 
529 aa  224  3e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.8 
 
 
495 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.4 
 
 
512 aa  224  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.91 
 
 
497 aa  223  6e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  33.54 
 
 
512 aa  219  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
494 aa  217  4e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.42 
 
 
514 aa  217  4e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.74 
 
 
546 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.8 
 
 
483 aa  216  7e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.39 
 
 
482 aa  216  7e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.37 
 
 
512 aa  213  5.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  32.16 
 
 
489 aa  213  7e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.23 
 
 
485 aa  212  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  31.95 
 
 
479 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.28 
 
 
501 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.25 
 
 
520 aa  210  5e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
504 aa  210  6e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.09 
 
 
477 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.91 
 
 
541 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.99 
 
 
465 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.04 
 
 
538 aa  208  1e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.79 
 
 
479 aa  208  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.55 
 
 
509 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.54 
 
 
489 aa  207  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.92 
 
 
486 aa  207  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.75 
 
 
486 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.84 
 
 
465 aa  207  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.46 
 
 
504 aa  206  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
471 aa  206  7e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.54 
 
 
494 aa  206  8e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.51 
 
 
511 aa  206  8e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  31.52 
 
 
558 aa  205  1e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.9 
 
 
496 aa  206  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  34.53 
 
 
479 aa  205  1e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.9 
 
 
496 aa  206  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.62 
 
 
471 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.28 
 
 
520 aa  205  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
502 aa  205  2e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  31.61 
 
 
479 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.72 
 
 
491 aa  204  3e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.9 
 
 
471 aa  203  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  30.46 
 
 
547 aa  203  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.75 
 
 
472 aa  203  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.47 
 
 
569 aa  203  6e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.9 
 
 
471 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.04 
 
 
483 aa  202  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  31.46 
 
 
569 aa  202  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  33.19 
 
 
470 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.75 
 
 
492 aa  202  9.999999999999999e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.66 
 
 
525 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.62 
 
 
477 aa  201  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.74 
 
 
482 aa  201  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.84 
 
 
491 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.7 
 
 
503 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.7 
 
 
503 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  31.12 
 
 
518 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.45 
 
 
507 aa  199  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.9 
 
 
503 aa  199  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.91 
 
 
496 aa  197  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.33 
 
 
483 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.66 
 
 
511 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.58 
 
 
532 aa  194  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.49 
 
 
518 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  31.48 
 
 
479 aa  194  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.81 
 
 
500 aa  194  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.21 
 
 
483 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.91 
 
 
462 aa  194  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>