More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2371 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2614  vgrG protein  70.8 
 
 
722 aa  1039    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0110775 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3386  vgrG protein  97.93 
 
 
725 aa  1469    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.160309  normal  0.824381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4049  vgrG protein  72.01 
 
 
771 aa  938    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.253476  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2858  type VI secretion system Vgr family protein  74.61 
 
 
692 aa  1070    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.374803  normal  0.207801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3234  type VI secretion system Vgr family protein  68.27 
 
 
722 aa  1008    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2371  Rhs element Vgr protein  100 
 
 
725 aa  1497    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2557  type VI secretion system Vgr family protein  87.6 
 
 
726 aa  1323    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.482945  normal  0.0643046 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2117  Rhs element Vgr protein  69.39 
 
 
722 aa  1015    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03220  hypothetical protein  52.77 
 
 
1019 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000195826 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44900  hypothetical protein  52.77 
 
 
842 aa  545  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0151345  normal  0.422437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1248  hypothetical protein  53.36 
 
 
1019 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60494  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3238  type VI secretion system Vgr family protein  40.18 
 
 
678 aa  511  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2825  type VI secretion system Vgr family protein  40 
 
 
678 aa  509  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0648  type VI secretion system Vgr family protein  42.57 
 
 
609 aa  489  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1162  type VI secretion system Vgr family protein  42.24 
 
 
617 aa  487  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.754803  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0696  putative VgrG protein  37.63 
 
 
741 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0764  type VI secretion system Vgr family protein  37.1 
 
 
741 aa  488  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2513  type VI secretion system Vgr family protein  38.79 
 
 
682 aa  488  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2559  type VI secretion system Vgr family protein  42.83 
 
 
618 aa  483  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1607  type VI secretion system Vgr family protein  40.69 
 
 
616 aa  482  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1502  type VI secretion system Vgr family protein  41.93 
 
 
617 aa  482  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0418  type VI secretion system Vgr family protein  41.93 
 
 
617 aa  481  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2188  type VI secretion system Vgr family protein  38.61 
 
 
656 aa  478  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.33539  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2696  type VI secretion system Vgr family protein  40.13 
 
 
615 aa  477  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.187576  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0053  type VI secretion system Vgr family protein  42.88 
 
 
617 aa  473  1e-132  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0328  Rhs element Vgr protein  39.1 
 
 
740 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0401  type VI secretion system Vgr family protein  39.1 
 
 
740 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4257  type VI secretion system Vgr family protein  42.58 
 
 
610 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0345  type VI secretion system Vgr family protein  39.81 
 
 
619 aa  468  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3454  type VI secretion system Vgr family protein  37.81 
 
 
655 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0339  putative VgrG protein  41.79 
 
 
732 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1155  type VI secretion system Vgr family protein  37.52 
 
 
706 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0542625  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3533  type VI secretion system Vgr family protein  40.65 
 
 
725 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0115  vgrG protein  38.5 
 
 
694 aa  445  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1026  vgrG protein  39.51 
 
 
1095 aa  442  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0014  vgrG protein  38 
 
 
1017 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1114  type VI secretion system Vgr family protein  37.42 
 
 
713 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1194  Rhs element Vgr protein  36.9 
 
 
655 aa  422  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2151  Rhs element Vgr protein  37.32 
 
 
706 aa  422  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1183  Rhs element Vgr protein  35.54 
 
 
694 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1212  Rhs element Vgr protein  36.82 
 
 
699 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2579  Rhs element Vgr protein  39.01 
 
 
687 aa  419  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0472026  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3719  Rhs element Vgr protein  36.9 
 
 
723 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.331309  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2572  Rhs element Vgr protein  39.01 
 
 
687 aa  419  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0544876  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2565  Rhs element Vgr protein  39.01 
 
 
687 aa  419  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125293  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1234  Vgr family type VI secretion system  35.7 
 
 
704 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.270466 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0243  type VI secretion system Vgr family protein  36.16 
 
 
713 aa  394  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0251  type VI secretion system Vgr family protein  36.36 
 
 
713 aa  395  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.830075 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0245  type VI secretion system Vgr family protein  36.32 
 
 
713 aa  395  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000448  VgrG protein  33.52 
 
 
692 aa  389  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000107078  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2202  type VI secretion system Vgr family protein  35.05 
 
 
702 aa  386  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0264417  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1638  type VI secretion system Vgr family protein  35.29 
 
 
702 aa  385  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674786  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2064  type VI secretion system Vgr family protein  34.93 
 
 
702 aa  385  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.201838  normal  0.0713545 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0587  type VI secretion system Vgr family protein  35.94 
 
 
633 aa  376  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  32 
 
 
692 aa  379  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0616  type VI secretion system Vgr family protein  35.53 
 
 
633 aa  376  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0499415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3077  type VI secretion system Vgr family protein  35.53 
 
 
633 aa  376  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  32.57 
 
 
741 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_36  VgrG protein, VgrG-2  33.48 
 
 
754 aa  372  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0649  type VI secretion system Vgr family protein  34.96 
 
 
633 aa  370  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823903  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0838  Rhs element Vgr protein  34.5 
 
 
697 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1358  VgrG preotein, VgrG-2  33.1 
 
 
754 aa  368  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1145  Rhs element Vgr protein  35.23 
 
 
706 aa  366  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  32.44 
 
 
741 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6124  type VI secretion system Vgr family protein  34.53 
 
 
714 aa  363  9e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.029227  normal  0.478766 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0650  Rhs element Vgr protein  36.34 
 
 
727 aa  362  1e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0732792  normal  0.0253872 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3024  Rhs element Vgr protein  34.41 
 
 
725 aa  360  5e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.130505 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2332  Rhs element Vgr protein  33.86 
 
 
741 aa  353  8e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00996193  normal  0.0126654 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21450  hypothetical protein  32.24 
 
 
688 aa  352  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01965  hypothetical protein  31.29 
 
 
771 aa  351  3e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3489  hypothetical protein  34.83 
 
 
767 aa  349  9e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159566  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3133  Rhs element Vgr protein  34.83 
 
 
767 aa  349  9e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.054847  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5415  Rhs element Vgr protein  33.28 
 
 
678 aa  348  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29390  hypothetical protein  33.08 
 
 
689 aa  348  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69550  hypothetical protein  33.15 
 
 
680 aa  348  3e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.256731  normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2631  Rhs element Vgr protein  32.23 
 
 
684 aa  347  6e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5436  Rhs element Vgr protein  32.83 
 
 
680 aa  346  7e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5574  Rhs element Vgr protein  33.75 
 
 
741 aa  346  7e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3960  hypothetical protein  32.88 
 
 
689 aa  345  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18985  hypothetical protein  33.33 
 
 
808 aa  343  4e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000261066  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43080  hypothetical protein  34.43 
 
 
680 aa  344  4e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000176027  normal  0.282542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4488  Rhs element Vgr protein  32.94 
 
 
702 aa  343  7e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0107  Rhs element Vgr protein  33.05 
 
 
693 aa  342  2e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4385  Rhs element Vgr protein  32.53 
 
 
763 aa  337  5.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2044  Rhs element Vgr protein  32.88 
 
 
680 aa  337  5.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.909849  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67230  hypothetical protein  33.43 
 
 
790 aa  337  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  34.3 
 
 
683 aa  335  2e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  33.76 
 
 
683 aa  333  8e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  29.45 
 
 
709 aa  333  8e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2127  Rhs element Vgr protein  30.95 
 
 
748 aa  332  2e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2538  Rhs element Vgr protein  33.66 
 
 
680 aa  330  6e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  32.75 
 
 
646 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01110  hypothetical protein  32.43 
 
 
643 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124023  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3868  type VI secretion system Vgr family protein  31.64 
 
 
730 aa  326  8.000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0373872  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0265  Rhs element Vgr protein  30.37 
 
 
731 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2828  Rhs element Vgr protein  31.23 
 
 
734 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1193  Rhs element Vgr protein  31.23 
 
 
731 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1790  Rhs element Vgr protein  31.23 
 
 
734 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.129982  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0460  Rhs element Vgr protein  31.23 
 
 
734 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.141236  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1607  Rhs element Vgr protein  31.23 
 
 
734 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>