More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2333 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2506  histidine kinase  80.67 
 
 
538 aa  880    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.971833  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  94.61 
 
 
538 aa  1027    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  100 
 
 
538 aa  1089    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2444  histidine kinase  63.33 
 
 
559 aa  676    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  47.05 
 
 
556 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  53.03 
 
 
676 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  51.72 
 
 
676 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  40.22 
 
 
558 aa  348  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.66 
 
 
998 aa  336  7e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.54 
 
 
922 aa  336  7e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.12 
 
 
1381 aa  335  9e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.65 
 
 
999 aa  334  2e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.65 
 
 
845 aa  333  4e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.29 
 
 
1089 aa  333  4e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  44.34 
 
 
847 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.21 
 
 
686 aa  330  4e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.65 
 
 
1086 aa  330  4e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  45.13 
 
 
956 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.65 
 
 
1092 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  45.3 
 
 
691 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  45.07 
 
 
691 aa  327  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  46.67 
 
 
1086 aa  327  3e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.83 
 
 
957 aa  326  7e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.5 
 
 
858 aa  325  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.53 
 
 
1022 aa  324  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  45.12 
 
 
1065 aa  324  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.7 
 
 
695 aa  324  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.48 
 
 
941 aa  323  6e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  43.81 
 
 
827 aa  322  7e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.41 
 
 
916 aa  322  9.000000000000001e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.68 
 
 
812 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.89 
 
 
1215 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.12 
 
 
1065 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.89 
 
 
1050 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  45.69 
 
 
646 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  39.69 
 
 
646 aa  321  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.41 
 
 
864 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.76 
 
 
830 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  45.84 
 
 
939 aa  320  5e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.92 
 
 
772 aa  319  7.999999999999999e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.99 
 
 
492 aa  319  9e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  45.86 
 
 
537 aa  318  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.61 
 
 
889 aa  317  4e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.63 
 
 
728 aa  316  6e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.85 
 
 
1095 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  43.65 
 
 
695 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.94 
 
 
814 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  43.67 
 
 
556 aa  314  2.9999999999999996e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.75 
 
 
573 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  45.5 
 
 
692 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  44.19 
 
 
695 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.19 
 
 
977 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.82 
 
 
890 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  47.11 
 
 
1092 aa  311  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.11 
 
 
1103 aa  311  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 
845 aa  310  4e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44 
 
 
754 aa  309  8e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.34 
 
 
762 aa  309  1.0000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.26 
 
 
827 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.56 
 
 
1225 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.53 
 
 
689 aa  302  9e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  38.08 
 
 
573 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  46.7 
 
 
1225 aa  300  4e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.8 
 
 
548 aa  299  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.65 
 
 
1165 aa  298  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.69 
 
 
708 aa  292  9e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.07 
 
 
943 aa  290  3e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  41.16 
 
 
571 aa  286  5e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.53 
 
 
688 aa  286  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.1 
 
 
762 aa  284  2.0000000000000002e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.43 
 
 
647 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.41 
 
 
691 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.95 
 
 
727 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.49 
 
 
688 aa  281  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.62 
 
 
688 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.11 
 
 
727 aa  280  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.62 
 
 
688 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.03 
 
 
689 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.26 
 
 
740 aa  276  5e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  40.24 
 
 
416 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0764  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 
568 aa  274  3e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.04 
 
 
553 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  44.68 
 
 
532 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2399  histidine kinase  35.88 
 
 
564 aa  273  6e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.75 
 
 
741 aa  272  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.5 
 
 
553 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.01 
 
 
807 aa  271  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.33 
 
 
943 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.36 
 
 
625 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.86 
 
 
979 aa  270  5.9999999999999995e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6621  histidine kinase  35.56 
 
 
552 aa  269  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.26 
 
 
622 aa  268  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 
905 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  42.26 
 
 
726 aa  268  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.35 
 
 
926 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  41.46 
 
 
733 aa  266  5.999999999999999e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  37.77 
 
 
1036 aa  265  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  43.68 
 
 
529 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 
927 aa  264  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.5 
 
 
936 aa  263  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>