More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2196 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3575  TonB-dependent siderophore receptor  98.63 
 
 
801 aa  1616    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2339  TonB-dependent siderophore receptor  94.26 
 
 
800 aa  1546    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2196  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
801 aa  1632    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.614035  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2582  TonB-dependent siderophore receptor  76.71 
 
 
802 aa  1273    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.431715  normal  0.0101305 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2781  TonB-dependent siderophore receptor  42.78 
 
 
805 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150566  normal  0.217763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3084  TonB-dependent siderophore receptor  40.71 
 
 
819 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39820  putative tonB-dependent receptor protein  42.32 
 
 
804 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3374  putative tonB-dependent receptor protein  41.27 
 
 
804 aa  559  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.128787  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3798  TonB-dependent siderophore receptor  38.98 
 
 
809 aa  550  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3358  TonB-dependent siderophore receptor  40.15 
 
 
808 aa  545  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260724  normal  0.726447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2590  outer membrane ferric siderophore receptor  42.23 
 
 
771 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3462  TonB-dependent siderophore receptor  40.4 
 
 
728 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2064  TonB-dependent siderophore receptor  40.37 
 
 
734 aa  508  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000430928 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2237  TonB-dependent siderophore receptor  40.97 
 
 
777 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0972  TonB-dependent siderophore receptor  41.72 
 
 
762 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.804591  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00871  ferric siderophore receptor protein  40.52 
 
 
746 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.619675  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3243  TonB-dependent siderophore receptor  40.62 
 
 
728 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.181533  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2123  TonB-dependent siderophore receptor  42.62 
 
 
725 aa  495  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5451  TonB-dependent siderophore receptor  38.03 
 
 
823 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5515  TonB-dependent siderophore receptor  40.2 
 
 
726 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5891  TonB-dependent siderophore receptor  40.48 
 
 
772 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2186  TonB-dependent siderophore receptor  40.48 
 
 
772 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3719  TonB-dependent siderophore receptor  40.29 
 
 
753 aa  486  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525992  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1110  TonB-dependent siderophore receptor  40.21 
 
 
768 aa  485  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1714  TonB-dependent siderophore receptor  37.48 
 
 
729 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666149  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4497  ferric siderophore receptor protein (TonB-dependent siderophore receptor)  38.3 
 
 
744 aa  482  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504252  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3327  TonB-dependent siderophore receptor  37.21 
 
 
804 aa  477  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.218834 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1088  TonB-dependent siderophore receptor  38.34 
 
 
737 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6957  TonB-dependent siderophore receptor  40.92 
 
 
749 aa  465  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2129  TonB-dependent siderophore receptor  39.82 
 
 
722 aa  460  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.759874  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3686  TonB-dependent siderophore receptor  38.81 
 
 
754 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4403  TonB-dependent siderophore receptor  40.67 
 
 
773 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.109366 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2620  TonB-dependent siderophore receptor  39.92 
 
 
770 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.526793  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1108  TonB-dependent siderophore receptor  38.16 
 
 
761 aa  459  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.441045 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4013  TonB-dependent siderophore receptor  37 
 
 
879 aa  457  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.302904 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0434  TonB-dependent siderophore receptor  40.43 
 
 
753 aa  458  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1625  TonB-dependent siderophore receptor  37.61 
 
 
746 aa  449  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.930758  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3757  TonB-dependent siderophore receptor  36.81 
 
 
851 aa  452  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0566087 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2294  TonB-dependent siderophore receptor  39.54 
 
 
773 aa  452  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4052  TonB-dependent siderophore receptor  36.95 
 
 
839 aa  449  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1736  TonB-dependent receptor protein  38.72 
 
 
737 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00567556  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2068  TonB-dependent siderophore receptor  39.36 
 
 
729 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.839532  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2469  TonB-dependent siderophore receptor  36.74 
 
 
768 aa  439  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000279609  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2373  ferrichrome receptor FcuA  36.74 
 
 
763 aa  439  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000216306  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1656  ferrichrome receptor FcuA  37.16 
 
 
720 aa  442  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000210688  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3084  TonB-dependent siderophore receptor  39.32 
 
 
764 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159276  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1878  TonB-dependent siderophore receptor  39.27 
 
 
722 aa  437  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3007  TonB-dependent siderophore receptor  38.65 
 
 
730 aa  436  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.796938 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4406  TonB-dependent siderophore receptor  38.74 
 
 
709 aa  435  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.684267  normal  0.0387925 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1500  TonB-dependent siderophore receptor  37.37 
 
 
755 aa  427  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356406  normal  0.318798 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2266  TonB-dependent siderophore receptor  37.23 
 
 
724 aa  419  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.238084  normal  0.145177 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2858  TonB-dependent siderophore receptor  36.3 
 
 
756 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.578501  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02105  hypothetical protein  35.54 
 
 
730 aa  415  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3527  TonB-dependent siderophore receptor  36.3 
 
 
761 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.650234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0629  putative ferric siderophore receptor protein  38.44 
 
 
700 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.466758  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4079  TonB-dependent siderophore receptor  37.05 
 
 
729 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.502501  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2669  putative ferric siderophore receptor protein precursor  38.12 
 
 
742 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765579  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2049  TonB-dependent siderophore receptor  36.03 
 
 
764 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379645  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3905  TonB-dependent siderophore receptor  37 
 
 
731 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1058  TonB-dependent siderophore receptor  36.04 
 
 
728 aa  407  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0962342  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4496  ferric siderophore receptor protein  32.99 
 
 
804 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1003  TonB-dependent siderophore receptor  36.51 
 
 
758 aa  392  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3800  TonB-dependent siderophore receptor  35.3 
 
 
712 aa  388  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.647138 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0825  TonB-dependent siderophore receptor  34.25 
 
 
759 aa  389  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000404003  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1104  TonB-dependent siderophore receptor  28.21 
 
 
728 aa  224  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413225  normal  0.151659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3864  TonB-dependent siderophore receptor  25.99 
 
 
811 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.952597 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0531  TonB-dependent siderophore receptor  29.06 
 
 
727 aa  223  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.45334 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4128  TonB-dependent siderophore receptor  26.68 
 
 
811 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1847  TonB-dependent siderophore receptor  30.01 
 
 
729 aa  218  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.343723  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3864  TonB-dependent siderophore receptor  30.01 
 
 
710 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0182976  normal  0.0196444 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4079  TonB-dependent siderophore receptor  27.93 
 
 
727 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1610  TonB-dependent siderophore receptor, putative  29.03 
 
 
724 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317263  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0715  TonB-dependent siderophore receptor  27.77 
 
 
698 aa  214  3.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1424  TonB-dependent siderophore receptor  28.51 
 
 
710 aa  208  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.550485 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0746  TonB-dependent siderophore receptor  28.77 
 
 
774 aa  207  7e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3769  TonB-dependent siderophore receptor  28.65 
 
 
724 aa  206  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.503702  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26410  TonB-dependent siderophore receptor  26.74 
 
 
742 aa  206  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4689  TonB-dependent siderophore receptor  29.07 
 
 
743 aa  205  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141202  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3674  TonB-dependent siderophore receptor  29.07 
 
 
743 aa  205  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450242  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0800  putative ferrisiderophore receptor signal peptide protein  28.1 
 
 
705 aa  204  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3848  TonB-dependent siderophore receptor  29.18 
 
 
743 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.617009 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5420  TonB-dependent siderophore receptor  29.11 
 
 
743 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00589363  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5036  TonB-dependent siderophore receptor  28.73 
 
 
751 aa  201  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.549683 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2436  TonB-dependent siderophore receptor  29.38 
 
 
743 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849974  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1460  TonB-dependent siderophore receptor  28 
 
 
712 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0192209  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0747  TonB-dependent siderophore receptor  26.38 
 
 
702 aa  199  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.429786 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6693  TonB-dependent siderophore receptor  26.61 
 
 
726 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.907714  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3576  TonB-dependent siderophore receptor  28.77 
 
 
743 aa  198  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0391438 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30860  TonB-dependent siderophore receptor  27.03 
 
 
710 aa  197  7e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.950998  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0859  TonB-dependent siderophore receptor  26.9 
 
 
716 aa  195  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308459  normal  0.654986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0817  TonB-dependent siderophore receptor  26.55 
 
 
702 aa  194  6e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.682704 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3471  TonB-dependent siderophore receptor  27.82 
 
 
728 aa  190  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3544  TonB-dependent siderophore receptor  26.11 
 
 
727 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  26.72 
 
 
828 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3692  TonB-dependent siderophore receptor  27.51 
 
 
685 aa  177  7e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.235893  normal  0.294422 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  27.9 
 
 
778 aa  177  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3385  TonB-dependent siderophore receptor  26.52 
 
 
730 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4499  TonB-dependent siderophore receptor  26.99 
 
 
706 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.883355  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02690  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.31 
 
 
704 aa  174  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1289  TonB-dependent receptor domain-containing protein  24.71 
 
 
727 aa  169  2e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00967025  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>