More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2110 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  98.66 
 
 
447 aa  902    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  82.96 
 
 
450 aa  773    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  92.27 
 
 
453 aa  855    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  100 
 
 
447 aa  915    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  87.28 
 
 
448 aa  809    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6799  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  67.13 
 
 
454 aa  616  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131117  normal  0.655046 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  58.99 
 
 
434 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  59.75 
 
 
432 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  58.99 
 
 
434 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  59.24 
 
 
432 aa  488  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  59.24 
 
 
432 aa  488  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  58.99 
 
 
434 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  60.46 
 
 
434 aa  489  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  59.24 
 
 
432 aa  488  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  59.01 
 
 
434 aa  487  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  58.73 
 
 
441 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  58.73 
 
 
439 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.95 
 
 
422 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  55.95 
 
 
430 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.45 
 
 
426 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  52.67 
 
 
439 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  52.59 
 
 
439 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  51.27 
 
 
433 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.25 
 
 
415 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  51.52 
 
 
415 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  52.02 
 
 
417 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  51.27 
 
 
417 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.51 
 
 
451 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.24 
 
 
426 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  49.48 
 
 
432 aa  384  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.9 
 
 
477 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  48.29 
 
 
439 aa  383  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  48.66 
 
 
675 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  50.13 
 
 
477 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  48.51 
 
 
675 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.28 
 
 
469 aa  381  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.35 
 
 
439 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.43 
 
 
467 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.03 
 
 
447 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  49.49 
 
 
470 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0263  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.89 
 
 
470 aa  371  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.473095  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  46.06 
 
 
698 aa  371  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.37 
 
 
440 aa  371  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  47.16 
 
 
669 aa  372  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.23 
 
 
475 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  46.32 
 
 
438 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  49.23 
 
 
475 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  49.23 
 
 
475 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  48.87 
 
 
482 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  48.87 
 
 
650 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.29 
 
 
689 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  44.87 
 
 
463 aa  368  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1497  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.76 
 
 
448 aa  366  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0777111  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  46.29 
 
 
450 aa  366  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.26 
 
 
448 aa  368  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  48.87 
 
 
476 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.03 
 
 
448 aa  365  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  45.72 
 
 
469 aa  362  8e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.17 
 
 
451 aa  359  7e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2187  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor, cytochrome c553  45.45 
 
 
476 aa  358  8e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0196419 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.94 
 
 
395 aa  358  9.999999999999999e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  47.58 
 
 
694 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  45.3 
 
 
712 aa  356  5e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  47.8 
 
 
721 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.45 
 
 
426 aa  354  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  47.16 
 
 
728 aa  353  4e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  45.08 
 
 
425 aa  352  7e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  46.19 
 
 
425 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  45.31 
 
 
425 aa  352  1e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.37 
 
 
433 aa  351  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.19 
 
 
425 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  42.89 
 
 
473 aa  351  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  46.19 
 
 
425 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  47.55 
 
 
721 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  45.87 
 
 
708 aa  350  3e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.18 
 
 
527 aa  349  5e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  45.31 
 
 
425 aa  348  9e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.92 
 
 
537 aa  348  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.29 
 
 
425 aa  346  4e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0652  cytochrome c family protein  46.86 
 
 
509 aa  346  4e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1440  putative cytochrome c, class I  44.89 
 
 
466 aa  345  8.999999999999999e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  46.67 
 
 
527 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  46.67 
 
 
527 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  46.13 
 
 
554 aa  343  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  46.15 
 
 
691 aa  342  9e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.03 
 
 
425 aa  342  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.74 
 
 
699 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  45.39 
 
 
452 aa  340  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  45.39 
 
 
452 aa  340  4e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  45.64 
 
 
492 aa  339  5e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6289  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.76 
 
 
530 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.550632  normal  0.0291984 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  45.14 
 
 
497 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.4 
 
 
726 aa  336  5.999999999999999e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  45.14 
 
 
452 aa  335  7e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  45.14 
 
 
452 aa  335  7e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  45.14 
 
 
452 aa  335  7e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  45.14 
 
 
452 aa  335  7e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  43.06 
 
 
447 aa  331  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  43.75 
 
 
773 aa  326  6e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.97 
 
 
427 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>