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for query gene Pput_2082 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 		 129 aa  267  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  99.22 
 
 		 129 aa  264  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  96.9 
 
 		 129 aa  262  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  96.9 
 
 		 129 aa  260  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3235  4-carboxymuconolactone decarboxylase  93.04 
 
 		 129 aa  228  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3442  4-carboxymuconolactone decarboxylase  92.17 
 
 		 127 aa  225  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.222691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  67.46 
 
 		 126 aa  189  8e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1912  carboxymuconolactone decarboxylase  65.87 
 
 		 126 aa  184  5e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955365  normal  0.169242 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0830  carboxymuconolactone decarboxylase  65.32 
 
 		 126 aa  181  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  61.29 
 
 		 126 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  61.29 
 
 		 126 aa  174  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  61.79 
 
 		 123 aa  171  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  61.34 
 
 		 132 aa  171  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  57.38 
 
 		 125 aa  168  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1965  carboxymuconolactone decarboxylase  52.8 
 
 		 137 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0644561  normal  0.179898 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1473  Carboxymuconolactone decarboxylase  61.47 
 
 		 137 aa  152  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.362759  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0571  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.61 
 
 		 134 aa  149  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5797  carboxymuconolactone decarboxylase  49.61 
 
 		 131 aa  149  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.10545  normal  0.0382532 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3382  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.61 
 
 		 134 aa  149  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0681  carboxymuconolactone decarboxylase  49.22 
 
 		 128 aa  149  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3646  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 		 128 aa  148  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0976  putative gamma carboxymuconolactone decarboxylase  47.24 
 
 		 131 aa  148  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.602862 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.84 
 
 		 134 aa  148  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0673  Carboxymuconolactone decarboxylase  49.22 
 
 		 128 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5508  Carboxymuconolactone decarboxylase  52.25 
 
 		 129 aa  147  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000984625 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3459  carboxymuconolactone decarboxylase  54.31 
 
 		 136 aa  147  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.462387  hitchhiker  0.00164993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3703  carboxymuconolactone decarboxylase  49.22 
 
 		 128 aa  147  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0381  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  46.83 
 
 		 131 aa  145  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.07667  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0448  carboxymuconolactone decarboxylase  46.83 
 
 		 131 aa  144  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1216  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  47.62 
 
 		 132 aa  144  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0658576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1984  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 		 134 aa  144  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4169  carboxymuconolactone decarboxylase  51.97 
 
 		 127 aa  142  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.944589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.82 
 
 		 127 aa  141  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2527  carboxymuconolactone decarboxylase  49.18 
 
 		 132 aa  140  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.45 
 
 		 126 aa  140  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4473  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.64 
 
 		 128 aa  140  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.54 
 
 		 127 aa  139  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5284  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.82 
 
 		 128 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4461  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.78 
 
 		 128 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.273934 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  51.72 
 
 		 125 aa  137  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3125  carboxymuconolactone decarboxylase  51.24 
 
 		 129 aa  138  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5109  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.24 
 
 		 129 aa  138  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  53.04 
 
 		 124 aa  138  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5750  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.24 
 
 		 129 aa  138  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4316  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.82 
 
 		 131 aa  138  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146371  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.83 
 
 		 134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  50.83 
 
 		 392 aa  137  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  48.33 
 
 		 129 aa  137  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3162  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.41 
 
 		 128 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.41 
 
 		 128 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58220  hypothetical protein  51.2 
 
 		 128 aa  137  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.876359  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  47.97 
 
 		 131 aa  137  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3252  carboxymuconolactone decarboxylase  50.86 
 
 		 133 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  48.8 
 
 		 396 aa  136  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.36 
 
 		 128 aa  136  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0647  4-carboxymuconolactone decarboxylase (PcaC)  51.64 
 
 		 130 aa  136  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.153527 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.77 
 
 		 128 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.77 
 
 		 128 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  49.6 
 
 		 128 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.77 
 
 		 128 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.77 
 
 		 128 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.33 
 
 		 127 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1204  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.77 
 
 		 128 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.78 
 
 		 132 aa  134  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  49.57 
 
 		 129 aa  134  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1326  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.69 
 
 		 129 aa  132  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.171416  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0071  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.97 
 
 		 128 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.499909  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4188  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 		 152 aa  131  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.412642 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.15 
 
 		 132 aa  130  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2960  carboxymuconolactone decarboxylase  46.49 
 
 		 126 aa  131  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00839552  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01252  conserved hypothetical protein  46.28 
 
 		 157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1592  carboxymuconolactone decarboxylase  46.28 
 
 		 125 aa  128  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0226271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 		 134 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2542  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 		 132 aa  128  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0234299  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1289  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 		 132 aa  128  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.880163  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5046  carboxymuconolactone decarboxylase  48.36 
 
 		 154 aa  128  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.336576 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1291  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 		 132 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0268  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 		 132 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.578525  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1368  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 		 132 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1029  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 		 132 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.28 
 
 		 129 aa  127  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3404  carboxymuconolactone decarboxylase  47.5 
 
 		 134 aa  127  5.0000000000000004e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0538  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 		 185 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  47.46 
 
 		 393 aa  126  8.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.77 
 
 		 402 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.9 
 
 		 130 aa  125  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1458  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.15 
 
 		 132 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5410  carboxymuconolactone decarboxylase  47.54 
 
 		 132 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0441836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.09 
 
 		 132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0594936 
 
 
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NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.28 
 
 		 135 aa  124  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 		 161 aa  124  3e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.28 
 
 		 130 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
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NC_010552  BamMC406_3566  carboxymuconolactone decarboxylase  47.54 
 
 		 132 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199431  hitchhiker  0.00916142 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.46 
 
 		 130 aa  124  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
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NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.46 
 
 		 130 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B2446  carboxymuconolactone decarboxylase  48.36 
 
 		 132 aa  124  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.8 
 
 		 128 aa  123  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.09 
 
 		 130 aa  123  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  42.28 
 
 		 133 aa  123  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_6127  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.6 
 
 		 136 aa  123  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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