More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2033 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  98.32 
 
 		 238 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  97.9 
 
 		 238 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  81.4 
 
 		 245 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  81.4 
 
 		 244 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2473  DNA-binding response regulator  60.26 
 
 		 242 aa  291  8e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0200  two component transcriptional regulator  60 
 
 		 243 aa  284  9e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.7 
 
 		 242 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  52.38 
 
 		 249 aa  241  5e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  47.64 
 
 		 242 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 		 250 aa  223  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 235 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  49.13 
 
 		 232 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  49.13 
 
 		 232 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  45.99 
 
 		 236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.8 
 
 		 237 aa  212  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  44.26 
 
 		 235 aa  211  4.9999999999999996e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.71 
 
 		 242 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  49.79 
 
 		 243 aa  210  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.38 
 
 		 234 aa  209  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.58 
 
 		 232 aa  208  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  51.08 
 
 		 239 aa  207  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 244 aa  206  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.48 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.3 
 
 		 241 aa  202  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  44.49 
 
 		 245 aa  202  4e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  44.49 
 
 		 245 aa  202  5e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1228  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.54 
 
 		 236 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0983  DNA-binding transcriptional regulator TorR  48.13 
 
 		 236 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.291581 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 237 aa  199  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0082  two-component response regulator  41.95 
 
 		 235 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1047  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.11 
 
 		 236 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.499715  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3367  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.53 
 
 		 236 aa  198  6e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1150  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.54 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.202106 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.58 
 
 		 275 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1112  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.69 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1051  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.69 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.44318 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.83 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0681  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000276194  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  45.92 
 
 		 261 aa  195  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  43.83 
 
 		 241 aa  195  6e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3356  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.13 
 
 		 236 aa  194  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.13 
 
 		 236 aa  194  7e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  45.19 
 
 		 244 aa  194  8.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  47.13 
 
 		 236 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4949  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04277  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ArcB or CpxA  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.896117  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3596  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.895542  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04242  hypothetical protein  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.889846  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4637  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0297029  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4956  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.211871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5012  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0537303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0562  two-component response regulator  40.77 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3655  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5000  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4849  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0271183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4922  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000490343  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5916  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.284367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4952  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.198521  normal  0.89803 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5008  two-component response regulator  41.2 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.80206 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2279  two component transcriptional regulator  46.41 
 
 		 234 aa  193  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.957974 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0601  two-component response regulator  40.43 
 
 		 238 aa  192  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000457476  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0811  two-component response regulator  39.91 
 
 		 238 aa  192  5e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3347  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.69 
 
 		 236 aa  192  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000384276  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  42.92 
 
 		 240 aa  192  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.11 
 
 		 262 aa  192  5e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3606  two-component response regulator  39.91 
 
 		 238 aa  192  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1828  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.8 
 
 		 240 aa  191  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0570  two-component response regulator  40.43 
 
 		 238 aa  191  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.275144  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  45.96 
 
 		 239 aa  191  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1990  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.27 
 
 		 241 aa  191  9e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.697946  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3478  two-component response regulator  39.48 
 
 		 238 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  43.1 
 
 		 240 aa  190  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  44.83 
 
 		 238 aa  189  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3671  two-component response regulator  40.34 
 
 		 238 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3241  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.86 
 
 		 237 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  42.24 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.1 
 
 		 248 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3865  two-component response regulator  40.34 
 
 		 238 aa  189  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000288449  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3566  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.291783  normal  0.121657 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3762  two-component response regulator  39.15 
 
 		 239 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0487627  decreased coverage  0.0000265862 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3534  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.42 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.176306 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3719  two-component response regulator  38.82 
 
 		 238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000224737  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3660  two-component response regulator  38.82 
 
 		 238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0335884  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3842  two-component response regulator  38.82 
 
 		 238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000808868  hitchhiker  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  38.82 
 
 		 238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0531  two-component response regulator  39.91 
 
 		 238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  39.15 
 
 		 239 aa  189  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3988  two-component response regulator  38.72 
 
 		 238 aa  189  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0678  two-component response regulator  38.72 
 
 		 238 aa  189  5e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000157437  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0651  two-component response regulator  38.72 
 
 		 238 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000404261  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3371  two-component response regulator  38.72 
 
 		 238 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000464227  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0650  two-component response regulator  38.72 
 
 		 238 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223196  hitchhiker  0.00939579 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0577  two component transcriptional regulator  45.49 
 
 		 240 aa  188  5.999999999999999e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.48747  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 238 aa  188  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  45.34 
 
 		 253 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  44.83 
 
 		 243 aa  188  5.999999999999999e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0733  two-component response regulator  39.57 
 
 		 238 aa  188  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.318798  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  41.81 
 
 		 239 aa  188  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>