225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2024 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  94.72 
 
 
417 aa  805  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  100 
 
 
417 aa  849  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  72.75 
 
 
417 aa  603  1e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  72.51 
 
 
417 aa  602  1e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  55.61 
 
 
417 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  55.77 
 
 
418 aa  467  1e-130  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  56.45 
 
 
418 aa  466  1e-130  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  55.96 
 
 
418 aa  465  1e-130  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  53.7 
 
 
418 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  55.7 
 
 
418 aa  452  1e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  53.56 
 
 
415 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  54.68 
 
 
419 aa  446  1e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  54.08 
 
 
395 aa  446  1e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  51.9 
 
 
422 aa  446  1e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  52.13 
 
 
422 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  53.81 
 
 
410 aa  438  1e-122  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  52.87 
 
 
416 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  54.52 
 
 
416 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  53.51 
 
 
421 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  52.57 
 
 
423 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  51.89 
 
 
412 aa  415  1e-115  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  51.89 
 
 
412 aa  416  1e-115  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  51.77 
 
 
412 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  52.14 
 
 
412 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  51.59 
 
 
422 aa  408  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  49.75 
 
 
424 aa  407  1e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  52.96 
 
 
424 aa  408  1e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  50.76 
 
 
426 aa  395  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  51.8 
 
 
416 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.05785e-07 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  50.51 
 
 
428 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  49.11 
 
 
405 aa  390  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  50.84 
 
 
416 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  47.39 
 
 
422 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  47.26 
 
 
416 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  51.15 
 
 
429 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  47.38 
 
 
423 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  47.02 
 
 
416 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  47.02 
 
 
416 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  44.52 
 
 
420 aa  371  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  46.68 
 
 
416 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  47.36 
 
 
430 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  45.12 
 
 
413 aa  358  7e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  46.35 
 
 
430 aa  357  3e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  45.86 
 
 
431 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  45.84 
 
 
430 aa  352  7e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  1.46891e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  43.81 
 
 
429 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  45.2 
 
 
429 aa  338  1e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  45.45 
 
 
429 aa  338  1e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  45.2 
 
 
422 aa  337  2e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  45.2 
 
 
429 aa  337  3e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  45 
 
 
428 aa  337  3e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  44.47 
 
 
415 aa  328  1e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  45.29 
 
 
421 aa  327  3e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  42.25 
 
 
421 aa  325  9e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.25 
 
 
421 aa  324  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  43.78 
 
 
427 aa  322  7e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  45.97 
 
 
416 aa  320  2e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  8.11517e-08 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  43.26 
 
 
427 aa  314  2e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  43.14 
 
 
433 aa  304  2e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  3.30448e-05 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  43.35 
 
 
433 aa  304  2e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  42.61 
 
 
429 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  42.51 
 
 
433 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  44.76 
 
 
409 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  43.73 
 
 
421 aa  296  6e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  44.89 
 
 
409 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  42.11 
 
 
431 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  42.34 
 
 
431 aa  293  5e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  41.84 
 
 
433 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  40.1 
 
 
412 aa  290  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  41.53 
 
 
418 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  42.79 
 
 
416 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  42.43 
 
 
417 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  42.68 
 
 
417 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  39.71 
 
 
439 aa  284  2e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  41.94 
 
 
417 aa  282  8e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  39.02 
 
 
411 aa  279  6e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  41.54 
 
 
418 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  39.64 
 
 
457 aa  277  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  40.38 
 
 
440 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  38.17 
 
 
440 aa  274  2e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  42.27 
 
 
416 aa  273  4e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  39.76 
 
 
440 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  38.1 
 
 
410 aa  270  3e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  41.77 
 
 
417 aa  270  3e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  38.57 
 
 
410 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  38.93 
 
 
410 aa  269  6e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  39.23 
 
 
424 aa  268  9e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  37.89 
 
 
420 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  39.95 
 
 
418 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  38.66 
 
 
427 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  37.86 
 
 
417 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  37.92 
 
 
439 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  37.41 
 
 
420 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  38.01 
 
 
439 aa  263  5e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  37.97 
 
 
426 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  38.13 
 
 
443 aa  262  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.73 
 
 
430 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  38.17 
 
 
442 aa  260  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  37.87 
 
 
437 aa  259  8e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  37.99 
 
 
427 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>