More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2019 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  99.21 
 
 		 263 aa  503  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  100 
 
 		 254 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2160  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  97.64 
 
 		 254 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167061  normal  0.198333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2203  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  94.9 
 
 		 255 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2307  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  85.89 
 
 		 259 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.672341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  81.05 
 
 		 251 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  81.53 
 
 		 251 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  79.45 
 
 		 259 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0204  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  77.33 
 
 		 257 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  69.05 
 
 		 263 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  69.6 
 
 		 255 aa  341  5e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  68.7 
 
 		 256 aa  333  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  68.7 
 
 		 256 aa  333  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  68.29 
 
 		 256 aa  332  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  71.54 
 
 		 255 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3258  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  61.73 
 
 		 256 aa  296  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02849  DNA-binding transcriptional dual regulator, glycolate-binding  61.73 
 
 		 254 aa  296  3e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0051984  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02799  hypothetical protein  61.73 
 
 		 254 aa  296  3e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00647704  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0716  GntR domain protein  61.73 
 
 		 254 aa  296  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0720  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  61.73 
 
 		 254 aa  296  3e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3153  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  61.73 
 
 		 254 aa  296  3e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3440  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  61.73 
 
 		 254 aa  296  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7453  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  67.58 
 
 		 253 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  45.64 
 
 		 253 aa  205  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  38.43 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  35.6 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 257 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1719  GntR domain-containing protein  40.98 
 
 		 254 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  hitchhiker  0.00929417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  36.48 
 
 		 257 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 288 aa  148  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  37.34 
 
 		 285 aa  146  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  35.8 
 
 		 255 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 255 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  36.21 
 
 		 255 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  36.21 
 
 		 255 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 258 aa  143  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  37.14 
 
 		 270 aa  142  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 270 aa  142  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 255 aa  141  8e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  37.14 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  35.8 
 
 		 256 aa  139  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4351  GntR domain-containing protein  37.15 
 
 		 265 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  37.96 
 
 		 252 aa  138  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  38.21 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 		 255 aa  135  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  35.96 
 
 		 255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  35.37 
 
 		 256 aa  133  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.54 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  32.11 
 
 		 251 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  35.02 
 
 		 255 aa  132  6e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  40 
 
 		 260 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  35.96 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  36.89 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  34.65 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  34.51 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  34.51 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  34.51 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  34.51 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  34.51 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  32.93 
 
 		 250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  33.33 
 
 		 250 aa  125  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  33.6 
 
 		 250 aa  125  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  33.77 
 
 		 254 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  35.17 
 
 		 251 aa  125  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  33.77 
 
 		 254 aa  125  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  33.77 
 
 		 254 aa  125  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  33.77 
 
 		 254 aa  125  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  33.77 
 
 		 254 aa  125  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  33.77 
 
 		 254 aa  125  7e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  33.77 
 
 		 254 aa  125  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  33.77 
 
 		 254 aa  125  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  33.77 
 
 		 254 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  33.2 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  33.2 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  33.2 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  33.33 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  35.37 
 
 		 254 aa  123  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  33.6 
 
 		 250 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  34.62 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  32.26 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  32.52 
 
 		 250 aa  123  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  32.52 
 
 		 250 aa  122  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.93 
 
 		 258 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.93 
 
 		 258 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.93 
 
 		 258 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  32.79 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  32.79 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  32.79 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  32.79 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.93 
 
 		 258 aa  121  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.53 
 
 		 258 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  33.2 
 
 		 268 aa  121  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  33.33 
 
 		 256 aa  121  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  32.65 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>