More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2006 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3757  response regulator receiver protein  100 
 
 
125 aa  247  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2006  response regulator receiver protein  100 
 
 
125 aa  247  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2146  response regulator receiver protein  98.4 
 
 
125 aa  244  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41399  hitchhiker  0.000968824 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2110  response regulator receiver protein  96.8 
 
 
125 aa  240  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2650  response regulator receiver domain-containing protein  80.65 
 
 
125 aa  203  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2449  response regulator receiver  77.42 
 
 
142 aa  200  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000856797 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2716  response regulator  77.42 
 
 
125 aa  196  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.59583  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 
889 aa  96.7  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.53 
 
 
845 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  40.5 
 
 
847 aa  93.2  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 
573 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  38.84 
 
 
692 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  38.02 
 
 
537 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
1095 aa  92  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.83 
 
 
830 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  39.02 
 
 
695 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  39.83 
 
 
695 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
686 aa  90.5  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 
772 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 
1022 aa  90.5  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  35.54 
 
 
827 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  36.44 
 
 
691 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
890 aa  89  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
492 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
998 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
789 aa  87.8  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
789 aa  87.8  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 
711 aa  87.4  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.79 
 
 
553 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
916 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.79 
 
 
553 aa  87  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  37.29 
 
 
1086 aa  87  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  35.83 
 
 
646 aa  87  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
1092 aa  87  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.83 
 
 
1089 aa  87  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
1165 aa  86.7  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  40.17 
 
 
556 aa  86.7  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
689 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  35.83 
 
 
646 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  35.59 
 
 
956 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
858 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
782 aa  85.9  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
957 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
1086 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
999 aa  84  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  33.9 
 
 
691 aa  84  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
1381 aa  84  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.4 
 
 
728 aa  83.6  8e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.9 
 
 
655 aa  83.6  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
743 aa  83.6  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
977 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
688 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
695 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
1050 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  37.82 
 
 
673 aa  82.4  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
845 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 
1067 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 
522 aa  82.8  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  36.97 
 
 
1065 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  36.13 
 
 
556 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
688 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 
589 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
1036 aa  80.5  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
754 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
922 aa  80.1  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
789 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
688 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
781 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  35.59 
 
 
676 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
1103 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  34.75 
 
 
1092 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 
589 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
1065 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 
939 aa  78.2  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 
1215 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  38.14 
 
 
280 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
864 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
741 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 
691 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  36.44 
 
 
726 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 
1132 aa  77.4  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
727 aa  77  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
941 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  36.21 
 
 
558 aa  76.3  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
740 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  34.75 
 
 
676 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  35.83 
 
 
829 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
814 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
588 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
673 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
589 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
589 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0595  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.17 
 
 
680 aa  75.9  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0319  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  36.28 
 
 
824 aa  75.1  0.0000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.655044  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
727 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
812 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2507  response regulator receiver protein  34.19 
 
 
121 aa  74.7  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  36.29 
 
 
611 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0764  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.21 
 
 
568 aa  74.3  0.0000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
611 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>