More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2002 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5390  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.83 
 
 		 1195 aa  1134    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.596605  hitchhiker  0.00757911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3761  multi-sensor hybrid histidine kinase  99.22 
 
 		 1155 aa  2313    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.358181  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1135  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.92 
 
 		 1142 aa  676    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0522922  normal  0.044499 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2712  sensor histidine kinase/response regulator  71.2 
 
 		 1170 aa  1694    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2445  response regulator receiver  71.12 
 
 		 1172 aa  1696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00053345 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.84 
 
 		 1713 aa  705    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1989  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.04 
 
 		 1937 aa  661    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4316  sensor histidine kinase  42.23 
 
 		 1695 aa  688    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.946527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1960  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.99 
 
 		 1680 aa  718    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.0344276 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6441  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.09 
 
 		 1937 aa  657    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5566  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.32 
 
 		 1203 aa  754    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0247633 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4210  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.47 
 
 		 1165 aa  1124    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.985282 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3768  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.55 
 
 		 1964 aa  638    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.370442 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4696  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.95 
 
 		 1917 aa  776    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.257042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5171  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.39 
 
 		 1857 aa  676    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472035  normal  0.0675906 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4779  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.04 
 
 		 1195 aa  778    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.133558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2646  multi-sensor hybrid histidine kinase  71.8 
 
 		 1163 aa  1720    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898724 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3768  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.59 
 
 		 1954 aa  738    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2642  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.5 
 
 		 1216 aa  725    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.974276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0022  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.12 
 
 		 1356 aa  753    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1671  histidine kinase  40.73 
 
 		 1937 aa  662    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2587  multi-sensor hybrid histidine kinase  59.43 
 
 		 1158 aa  1384    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1216  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.04 
 
 		 1194 aa  1124    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.469894 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0626  histidine kinase  47.18 
 
 		 1137 aa  945    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2076  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.71 
 
 		 2107 aa  701    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1942  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.56 
 
 		 1038 aa  933    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2080  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein  39.02 
 
 		 1158 aa  770    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.264996 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1136  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.64 
 
 		 1896 aa  683    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.270239  normal  0.51439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2142  multi-sensor hybrid histidine kinase  92.43 
 
 		 1149 aa  2130    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.694825  hitchhiker  0.00121197 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5353  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.18 
 
 		 1143 aa  983    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.385348 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6353  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.97 
 
 		 1839 aa  696    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9103  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.9 
 
 		 1145 aa  993    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3210  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.04 
 
 		 1936 aa  662    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.596339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  91.26 
 
 		 1155 aa  2071    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5393  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.53 
 
 		 2099 aa  695    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0480029  normal  0.0859175 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0169  multi-sensor hybrid histidine kinase  62.63 
 
 		 1168 aa  1417    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3831  GAF sensor hybrid histidine kinase  46.38 
 
 		 1177 aa  934    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195944  normal  0.0220401 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0587  ATP-binding region ATPase domain protein  36.89 
 
 		 1161 aa  731    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5109  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.83 
 
 		 2099 aa  700    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0669819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1035  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.3 
 
 		 1201 aa  671    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3786  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.26 
 
 		 1155 aa  802    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2002  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1155 aa  2334    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00831305 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4784  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.94 
 
 		 1141 aa  989    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4248  ATP-binding region ATPase domain protein  35.74 
 
 		 1196 aa  691    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0393  histidine kinase  36.45 
 
 		 1200 aa  730    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.564913 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3719  sensor histidine kinase  41.73 
 
 		 1278 aa  749    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3996  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.88 
 
 		 1159 aa  1012    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.374046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1073  multi-sensor hybrid histidine kinase  61.67 
 
 		 1158 aa  1359    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00830683  normal  0.406928 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0647  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.18 
 
 		 1137 aa  941    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1737  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.64 
 
 		 1037 aa  806    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476029  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3354  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 		 1189 aa  697    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.426502  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1648  histidine kinase  41.41 
 
 		 1374 aa  754    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.102759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1000  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.69 
 
 		 1161 aa  625  1e-177  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2257  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.9 
 
 		 1162 aa  625  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1031  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.08 
 
 		 1131 aa  618  1e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.768055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0325  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.54 
 
 		 2037 aa  616  1e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3548  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.28 
 
 		 1942 aa  603  1.0000000000000001e-171  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2473  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 		 1792 aa  568  1e-160  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.443525 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5629  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.54 
 
 		 2010 aa  545  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.117507 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0287  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.26 
 
 		 1160 aa  489  1e-137  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2112  Cache sensor hybrid histidine kinase  33.65 
 
 		 1361 aa  478  1e-133  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3648  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.59 
 
 		 1237 aa  451  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3493  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.24 
 
 		 1782 aa  445  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0298684  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0540  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.14 
 
 		 1816 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.46685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4122  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 		 1853 aa  391  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0144  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 		 1119 aa  389  1e-106  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4276  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.6 
 
 		 1847 aa  385  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2644  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.44 
 
 		 1303 aa  384  1e-105  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.229306  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4253  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 		 1843 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1267  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.68 
 
 		 916 aa  386  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0932  sensor histidine kinase/response regulator  30.58 
 
 		 896 aa  379  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0917  sensor histidine kinase  30.92 
 
 		 896 aa  378  1e-103  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0996  sensor histidine kinase/response regulator  30.58 
 
 		 896 aa  379  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4266  sensor histidine kinase/response regulator  30.1 
 
 		 896 aa  377  1e-103  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000252034 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1163  sensor histidine kinase/response regulator  31.03 
 
 		 896 aa  376  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1090  sensor histidine kinase/response regulator  30.67 
 
 		 896 aa  375  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.358618  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0900  sensor histidine kinase  30.03 
 
 		 896 aa  376  1e-102  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1037  sensor histidine kinase/response regulator  35.39 
 
 		 896 aa  375  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1072  sensor histidine kinase/response regulator  30.25 
 
 		 896 aa  376  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.88167e-43 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0907  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.69 
 
 		 896 aa  370  1e-101  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2180  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.05 
 
 		 922 aa  369  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.238731  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0401  sensor histidine kinase/response regulator  35.8 
 
 		 1392 aa  366  1e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.07 
 
 		 1271 aa  365  3e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0286  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.88 
 
 		 1406 aa  363  1e-98  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0185  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 		 1214 aa  360  6e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467777  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4523  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 		 1179 aa  360  8e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522992  decreased coverage  0.00180703 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1722  histidine kinase  30.11 
 
 		 1361 aa  359  9.999999999999999e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.169999 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2495  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.46 
 
 		 1362 aa  359  1.9999999999999998e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4049  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.88 
 
 		 1406 aa  350  6e-95  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4103  ATPase domain-containing protein  35.97 
 
 		 1179 aa  350  8e-95  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.972573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6993  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 1159 aa  349  2e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.922616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0666  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.46 
 
 		 1400 aa  344  5e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.982341 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3009  GAF sensor hybrid histidine kinase  33 
 
 		 920 aa  344  5.999999999999999e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.59521  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5202  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.79 
 
 		 1478 aa  340  9.999999999999999e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0874625 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3328  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 1482 aa  339  1.9999999999999998e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1053  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 1458 aa  335  4e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.24 
 
 		 1172 aa  329  2.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4117  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 		 1588 aa  329  2.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0887298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5091  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.14 
 
 		 1479 aa  324  5e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.493325  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1943  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.95 
 
 		 1468 aa  322  3.9999999999999996e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>