More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1979 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  644    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  93.71 
 
 		 318 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 294 aa  412  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 309 aa  230  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  42.36 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 315 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  41.46 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 299 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  37.88 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  36.67 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 325 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  35.07 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 288 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 319 aa  129  9.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 294 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 152 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 152 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.5 
 
 		 295 aa  119  9e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 291 aa  116  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  28.52 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3855  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0669759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0031  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 288 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  25.35 
 
 		 295 aa  109  7.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0043  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  30.38 
 
 		 293 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 290 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0232  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 346 aa  106  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.698548 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 304 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 332 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 315 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.47 
 
 		 302 aa  102  9e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>