More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1959 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  639    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  99.66 
 
 		 294 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 		 298 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  90.48 
 
 		 294 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  74.49 
 
 		 299 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  73.88 
 
 		 301 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  72.16 
 
 		 302 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  56.1 
 
 		 293 aa  318  7e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  51.9 
 
 		 295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 399 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 296 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 294 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 294 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 294 aa  300  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 305 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 305 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 305 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 305 aa  295  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 296 aa  294  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 299 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 299 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 299 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.26 
 
 		 305 aa  264  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 291 aa  256  2e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 293 aa  231  9e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 302 aa  229  5e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 301 aa  229  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 300 aa  229  6e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  42.66 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  39.52 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 316 aa  224  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  222  7e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  40.55 
 
 		 303 aa  222  7e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.06 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 317 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3013  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.635712  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 313 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 305 aa  215  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 310 aa  215  8e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 322 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 322 aa  212  7e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 362 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  40.21 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  37.46 
 
 		 289 aa  210  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>