More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1480 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
353 aa  718    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  59.03 
 
 
360 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.3 
 
 
357 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.3 
 
 
391 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.89 
 
 
361 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.89 
 
 
357 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.5 
 
 
360 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.89 
 
 
361 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.62 
 
 
357 aa  396  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  56.47 
 
 
357 aa  391  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.57 
 
 
359 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
359 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 
358 aa  388  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
359 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
359 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
359 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.42 
 
 
362 aa  386  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
356 aa  378  1e-104  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.72 
 
 
364 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.67 
 
 
363 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.56 
 
 
358 aa  376  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.67 
 
 
363 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.49 
 
 
355 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.71 
 
 
361 aa  375  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.85 
 
 
357 aa  377  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.69 
 
 
367 aa  374  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.57 
 
 
361 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.59 
 
 
372 aa  366  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.29 
 
 
358 aa  363  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.04 
 
 
354 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.46 
 
 
354 aa  359  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.44 
 
 
358 aa  358  6e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.85 
 
 
362 aa  345  8.999999999999999e-94  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.85 
 
 
362 aa  344  1e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.86 
 
 
352 aa  344  1e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.58 
 
 
362 aa  344  1e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.28 
 
 
367 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.66 
 
 
358 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.29 
 
 
372 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.84 
 
 
359 aa  335  5e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.71 
 
 
351 aa  330  2e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.43 
 
 
351 aa  330  3e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.43 
 
 
351 aa  326  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.55 
 
 
351 aa  326  5e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.14 
 
 
365 aa  322  8e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.98 
 
 
365 aa  321  9.999999999999999e-87  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.01 
 
 
358 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.57 
 
 
366 aa  321  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.28 
 
 
366 aa  320  1.9999999999999998e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.15 
 
 
364 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  43.87 
 
 
361 aa  317  2e-85  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.14 
 
 
362 aa  316  3e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.41 
 
 
368 aa  315  6e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.72 
 
 
357 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.37 
 
 
371 aa  314  9.999999999999999e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.99 
 
 
368 aa  310  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  47.32 
 
 
368 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.29 
 
 
367 aa  309  4e-83  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.16 
 
 
353 aa  306  5.0000000000000004e-82  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.82 
 
 
365 aa  305  6e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.28 
 
 
360 aa  302  7.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.93 
 
 
369 aa  301  8.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.57 
 
 
361 aa  300  4e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.28 
 
 
364 aa  296  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.68 
 
 
366 aa  296  5e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.49 
 
 
366 aa  295  6e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.47 
 
 
379 aa  294  1e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.76 
 
 
368 aa  290  2e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.06 
 
 
366 aa  290  3e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.78 
 
 
386 aa  288  7e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.34 
 
 
371 aa  288  8e-77  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.86 
 
 
395 aa  288  9e-77  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.51 
 
 
386 aa  288  1e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.69 
 
 
367 aa  281  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.69 
 
 
357 aa  243  3e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.49 
 
 
406 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
331 aa  162  6e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
331 aa  162  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.05 
 
 
324 aa  160  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
329 aa  112  7.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.55 
 
 
411 aa  106  7e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
413 aa  105  1e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
327 aa  102  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 
324 aa  100  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
328 aa  99.8  6e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
315 aa  99.8  7e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.79 
 
 
356 aa  98.2  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
309 aa  97.8  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
309 aa  97.1  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1562  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.05 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
332 aa  96.7  5e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.02 
 
 
350 aa  96.7  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.96 
 
 
335 aa  96.3  7e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.27 
 
 
353 aa  96.3  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
342 aa  96.3  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.54 
 
 
307 aa  94.7  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.61 
 
 
307 aa  94  4e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
330 aa  93.6  5e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.94 
 
 
352 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>