211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1456 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4398  major facilitator family transporter  99.55 
 
 
444 aa  857    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170292  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1922  major facilitator family transporter  79.38 
 
 
465 aa  656    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.628163  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3491  major facilitator transporter  78.09 
 
 
473 aa  657    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3959  major facilitator transporter  97.09 
 
 
447 aa  837    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.913585  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4258  major facilitator transporter  83.29 
 
 
452 aa  703    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3739  major facilitator transporter  93.95 
 
 
443 aa  813    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.272825  normal  0.734833 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1456  major facilitator transporter  100 
 
 
446 aa  890    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.357176  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20680  putative MFS transporter  71.85 
 
 
434 aa  618  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1775  hypothetical protein  73.68 
 
 
434 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2857  major facilitator transporter  75.42 
 
 
436 aa  585  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0668265  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3242  major facilitator transporter  55.82 
 
 
446 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0903  major facilitator transporter  55.58 
 
 
446 aa  450  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3377  major facilitator transporter  55.58 
 
 
446 aa  450  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0839  major facilitator transporter  52.1 
 
 
464 aa  447  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.673129  hitchhiker  0.000450742 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5608  MFS family transporter  54.55 
 
 
438 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64590  putative MFS transporter  54.31 
 
 
438 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0510632  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3112  hypothetical protein  51.04 
 
 
520 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0751652 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3262  major facilitator transporter  49.77 
 
 
476 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000595189  hitchhiker  0.0000189305 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3933  hypothetical protein  48.21 
 
 
474 aa  392  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3353  major facilitator transporter  46.7 
 
 
474 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00730717  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0699  major facilitator transporter  48.55 
 
 
474 aa  395  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000337729  hitchhiker  0.00021718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0685  major facilitator transporter  49.31 
 
 
476 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000174953  hitchhiker  0.000330115 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0730  major facilitator superfamily MFS_1  47.72 
 
 
480 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000305807  hitchhiker  0.0000000180087 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3645  major facilitator transporter  47.72 
 
 
480 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000051219  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0751  major facilitator transporter  47.75 
 
 
481 aa  388  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0105844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0709  major facilitator transporter  47.72 
 
 
480 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0602177  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0739  major facilitator transporter  47.49 
 
 
480 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000161748 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0513  major facilitator transporter  48.28 
 
 
459 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5368  major facilitator family transporter  49.06 
 
 
385 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0091  major facilitator transporter  39.63 
 
 
471 aa  224  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1427  major facilitator superfamily MFS_1  34.79 
 
 
430 aa  208  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0155  major facilitator superfamily MFS_1  35.41 
 
 
436 aa  204  3e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0419  major facilitator superfamily MFS_1  34.91 
 
 
417 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2954  major facilitator transporter  36 
 
 
412 aa  194  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.126979 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3013  major facilitator transporter  32.76 
 
 
409 aa  190  5.999999999999999e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.382215  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0414  transporter, MFS superfamily  34.39 
 
 
411 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.50103  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1547  major facilitator transporter  35.62 
 
 
447 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3228  major facilitator transporter  32.85 
 
 
427 aa  182  8.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1821  major facilitator transporter  28.92 
 
 
444 aa  178  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000983336  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2660  major facilitator transporter  30.05 
 
 
417 aa  178  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0619  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.425561  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0618  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0226  major facilitator transporter  34.91 
 
 
446 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.200681  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3408  major facilitator transporter  33.07 
 
 
433 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0929  major facilitator transporter  36.39 
 
 
415 aa  171  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2864  twin-arginine translocation pathway signal  32.52 
 
 
443 aa  167  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1380  MFS permease  28.78 
 
 
410 aa  168  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.897204  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3922  major facilitator transporter  31.75 
 
 
444 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3528  major facilitator transporter  31.2 
 
 
428 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000328166  normal  0.125095 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0112  major facilitator superfamily transporter  33.17 
 
 
427 aa  163  6e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0986  major facilitator family transporter  28.42 
 
 
726 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.776393  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2043  major facilitator family transporter  28.46 
 
 
397 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1740  transporter, putative  29.82 
 
 
412 aa  161  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.138078  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0204  major facilitator transporter  32.09 
 
 
425 aa  161  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1802  major facilitator transporter  27.45 
 
 
713 aa  160  4e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.792644  normal  0.0946092 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2706  putative major facilitator superfamily (MFS) transporter  30.71 
 
 
404 aa  160  6e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0644  major facilitator transporter  27.44 
 
 
429 aa  159  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2191  major facilitator transporter  30 
 
 
408 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3082  major facilitator superfamily MFS_1  31.53 
 
 
454 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.359884  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3245  major facilitator superfamily MFS_1  31.18 
 
 
432 aa  156  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.70819  normal  0.24214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2641  major facilitator transporter  31.24 
 
 
432 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2491  major facilitator transporter  31.35 
 
 
430 aa  156  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.216953 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2783  major facilitator transporter  31.96 
 
 
431 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.2175  normal  0.236028 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1681  putative transporter  29.32 
 
 
412 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01548  transmembrane transport protein  36.47 
 
 
412 aa  153  5e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1172  major facilitator transporter  29.63 
 
 
412 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0576  major facilitator superfamily transporter  28.61 
 
 
398 aa  152  8e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34670  Transmembrane transport protein  33.92 
 
 
429 aa  151  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1591  MFS permease  32.1 
 
 
411 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.37561  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2384  major facilitator transporter  32.13 
 
 
436 aa  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2970  major facilitator transporter  29.39 
 
 
418 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1598  twin-arginine translocation pathway signal  29 
 
 
426 aa  151  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.121654  normal  0.207213 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1616  major facilitator transporter  29.39 
 
 
418 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0546554 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1849  major facilitator transporter  28.45 
 
 
418 aa  149  7e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.513333 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3542  major facilitator superfamily MFS_1  30.06 
 
 
432 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0203  major facilitator transporter  33.04 
 
 
443 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.371325  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1718  major facilitator transporter  26.06 
 
 
429 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.150429 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3097  major facilitator transporter  28.44 
 
 
421 aa  144  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0288565 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0613  major facilitator transporter  27.14 
 
 
416 aa  141  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0957759  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1179  transmembrane transport protein  28.23 
 
 
407 aa  139  7e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1991  putative MFS family transporter protein  31.16 
 
 
384 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1094  major facilitator transporter  30.61 
 
 
424 aa  137  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3661  MFS permease  28.99 
 
 
427 aa  137  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3119  major facilitator transporter  36.14 
 
 
420 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.485846  normal  0.0384388 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1328  hypothetical protein  27.67 
 
 
412 aa  136  7.000000000000001e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1723  putative MFS family transporter protein  31.62 
 
 
384 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3143  major facilitator transporter  27.94 
 
 
471 aa  135  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.385711 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00902  putative MFS family transporter protein  27.99 
 
 
382 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.90322  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2745  major facilitator superfamily MFS_1  27.99 
 
 
382 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2698  putative MFS family transporter protein  27.99 
 
 
382 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1700  putative MFS family transporter protein  28.41 
 
 
381 aa  134  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.289125 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1061  putative MFS family transporter protein  27.99 
 
 
382 aa  134  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2221  putative MFS family transporter protein  27.99 
 
 
382 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.707303 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1004  putative MFS family transporter protein  27.99 
 
 
382 aa  134  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00909  hypothetical protein  27.99 
 
 
382 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.80551  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0975  putative MFS family transporter protein  27.99 
 
 
382 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0837  hypothetical protein  28.84 
 
 
414 aa  133  6e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1421  putative MFS family transporter protein  28.21 
 
 
382 aa  133  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1081  putative MFS family transporter protein  28.32 
 
 
382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1066  putative MFS family transporter protein  28.32 
 
 
382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0109071  normal  0.857423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>