More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1403 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 353 aa  720    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  97.45 
 
 		 353 aa  704    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  95.75 
 
 		 353 aa  694    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 353 aa  720    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  82.15 
 
 		 353 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  71.56 
 
 		 337 aa  502  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 337 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  69.58 
 
 		 337 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 349 aa  249  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 337 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 344 aa  229  8e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 341 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  36.97 
 
 		 358 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 338 aa  226  4e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  37.43 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  35.37 
 
 		 348 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 347 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  34.44 
 
 		 330 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  32.83 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 345 aa  172  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 344 aa  167  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  32.22 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 350 aa  162  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  29.34 
 
 		 343 aa  161  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 359 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 344 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 375 aa  155  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  33.9 
 
 		 362 aa  155  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 358 aa  153  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 335 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 367 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 365 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  28.25 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  32.32 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  29.45 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  28.61 
 
 		 337 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 342 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 340 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 348 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 345 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 345 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 358 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 358 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 347 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 347 aa  139  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 336 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 337 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 356 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 355 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 356 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 351 aa  135  9e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 347 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 364 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 333 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.19 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 344 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 345 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 360 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 375 aa  132  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  30.82 
 
 		 339 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  31.42 
 
 		 352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 360 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 357 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04000  putative transcriptional regulator  31.59 
 
 		 350 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  29.72 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 340 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 346 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 346 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  29.2 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  28.91 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  24.69 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.45 
 
 		 343 aa  126  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  29.18 
 
 		 348 aa  126  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>