269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1297 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  99.47 
 
 		 377 aa  751    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  96.55 
 
 		 377 aa  732    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  91.51 
 
 		 377 aa  693    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  100 
 
 		 377 aa  758    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  78.93 
 
 		 377 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  78.67 
 
 		 377 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  76.8 
 
 		 377 aa  599  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  74.93 
 
 		 377 aa  578  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  75.81 
 
 		 375 aa  532  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  68.55 
 
 		 393 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  68.82 
 
 		 374 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  44.59 
 
 		 386 aa  317  3e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  40.97 
 
 		 384 aa  295  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  36.34 
 
 		 400 aa  238  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  35.33 
 
 		 388 aa  235  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  38.98 
 
 		 375 aa  233  6e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  37.57 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  37.57 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  37.4 
 
 		 396 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  37.57 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  34.59 
 
 		 382 aa  230  3e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  37.57 
 
 		 375 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  37.57 
 
 		 375 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  37.57 
 
 		 375 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  37.29 
 
 		 371 aa  229  7e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  37.29 
 
 		 371 aa  229  7e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  38.25 
 
 		 375 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  36.78 
 
 		 374 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  38.25 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  37.02 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  38.25 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  38.25 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  38.25 
 
 		 375 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  36.01 
 
 		 371 aa  227  3e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  37.57 
 
 		 403 aa  226  7e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  34.32 
 
 		 370 aa  223  4e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  38.68 
 
 		 381 aa  223  4e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  37.4 
 
 		 373 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  37.4 
 
 		 373 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  37.4 
 
 		 373 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  36.96 
 
 		 385 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  35.41 
 
 		 369 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  36.16 
 
 		 384 aa  220  3.9999999999999997e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  34.59 
 
 		 368 aa  218  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  32.09 
 
 		 379 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2759  ribonuclease D  36.76 
 
 		 390 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000108089  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  37.1 
 
 		 373 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  33.97 
 
 		 381 aa  209  9e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  35.81 
 
 		 388 aa  207  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  35.9 
 
 		 374 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  32.97 
 
 		 367 aa  207  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  40.29 
 
 		 369 aa  206  6e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  34.68 
 
 		 374 aa  205  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  32.05 
 
 		 384 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  35.08 
 
 		 369 aa  205  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  32.05 
 
 		 384 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  32.42 
 
 		 388 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  34.05 
 
 		 371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000103666  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  32.88 
 
 		 369 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  32.88 
 
 		 369 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  32.88 
 
 		 369 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  33.15 
 
 		 369 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  35.01 
 
 		 395 aa  199  9e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  31.2 
 
 		 384 aa  197  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  33.16 
 
 		 385 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  35.81 
 
 		 384 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  35.81 
 
 		 384 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  33.69 
 
 		 385 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  34.56 
 
 		 385 aa  194  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  31.25 
 
 		 367 aa  193  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  36.15 
 
 		 394 aa  192  9e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  33.42 
 
 		 382 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  34.94 
 
 		 392 aa  191  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  31.47 
 
 		 381 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  35.85 
 
 		 389 aa  189  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  31.52 
 
 		 399 aa  189  7e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  32.14 
 
 		 392 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  34.55 
 
 		 405 aa  188  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  31.55 
 
 		 381 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  34.13 
 
 		 395 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  37.04 
 
 		 395 aa  187  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  31.08 
 
 		 383 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  31.59 
 
 		 392 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  32.12 
 
 		 381 aa  184  3e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  35.31 
 
 		 358 aa  183  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  34.67 
 
 		 392 aa  182  7e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  38.89 
 
 		 389 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  32.96 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  31.78 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  32.64 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  31.54 
 
 		 384 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  32.52 
 
 		 388 aa  179  9e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  34.54 
 
 		 385 aa  179  9e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  34.05 
 
 		 379 aa  177  3e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  30.85 
 
 		 392 aa  177  4e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  39.38 
 
 		 384 aa  176  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  34.55 
 
 		 401 aa  176  8e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0795  putative ribonuclease D  31.1 
 
 		 432 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.16704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  33.24 
 
 		 427 aa  173  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  35.9 
 
 		 393 aa  173  3.9999999999999995e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>