226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1253 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  100 
 
 
268 aa  540  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  99.63 
 
 
268 aa  539  1e-152  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  97.76 
 
 
268 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  89.3 
 
 
271 aa  440  1e-122  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  79.93 
 
 
279 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  75 
 
 
272 aa  351  7e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  77.54 
 
 
248 aa  336  3e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  70.74 
 
 
274 aa  332  3e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.28207e-08  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  69.26 
 
 
274 aa  327  9e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  69.49 
 
 
270 aa  308  4e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  64.6 
 
 
273 aa  293  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  33.33 
 
 
254 aa  135  9e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  34.43 
 
 
262 aa  134  1e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  29.78 
 
 
322 aa  128  9e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  29.78 
 
 
322 aa  126  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  34.84 
 
 
271 aa  122  5e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  34.84 
 
 
271 aa  121  1e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  35.37 
 
 
268 aa  120  2e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  32.75 
 
 
285 aa  118  9e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  35.85 
 
 
258 aa  118  1e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  5.38849e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  29.41 
 
 
263 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  33.49 
 
 
243 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  32.37 
 
 
284 aa  106  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  31.28 
 
 
257 aa  105  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  35.47 
 
 
262 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  35.47 
 
 
262 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  6.91126e-05  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  35.47 
 
 
262 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.80184e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  34.08 
 
 
272 aa  103  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  35.47 
 
 
262 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  31.67 
 
 
269 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.1862e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  35.29 
 
 
263 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.12768e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  30.04 
 
 
255 aa  103  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  35.29 
 
 
263 aa  103  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.23566e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  35.29 
 
 
263 aa  103  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.29093e-08  normal  0.329929 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  35.29 
 
 
263 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  35.29 
 
 
263 aa  103  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  35.29 
 
 
263 aa  103  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  9.73622e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  35.29 
 
 
263 aa  102  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.28041e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  35.29 
 
 
263 aa  102  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.35641e-09  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  34.48 
 
 
263 aa  102  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  33.5 
 
 
264 aa  102  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  2.29086e-08  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2527  hypothetical protein  34.74 
 
 
255 aa  102  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000191168  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  30.92 
 
 
261 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  30.92 
 
 
261 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  32.23 
 
 
254 aa  99.4  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  3.61839e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  27.24 
 
 
305 aa  99.4  5e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  29.95 
 
 
252 aa  98.6  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  28.62 
 
 
300 aa  98.2  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  29.95 
 
 
274 aa  98.6  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  31.46 
 
 
242 aa  97.4  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.36736e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  30.95 
 
 
265 aa  97.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  31.4 
 
 
252 aa  96.7  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  43.48 
 
 
258 aa  97.1  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  6.56344e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  34.48 
 
 
262 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.19726e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  29.33 
 
 
261 aa  96.3  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.08782e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  43.48 
 
 
258 aa  96.3  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  2.995e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  29.76 
 
 
251 aa  95.5  9e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  30.22 
 
 
249 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  35 
 
 
269 aa  93.6  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  29.95 
 
 
249 aa  92.8  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  30.18 
 
 
249 aa  92  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  29.73 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  29.73 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  29.73 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2729  tol-pal system protein YbgF  39.83 
 
 
243 aa  91.7  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.99161e-08  hitchhiker  2.35132e-05 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  29.73 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  29.47 
 
 
252 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  29.73 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  39.83 
 
 
272 aa  91.7  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.43705e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  29.73 
 
 
234 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  29.73 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  40.18 
 
 
266 aa  90.5  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  2.95525e-10  decreased coverage  4.50337e-06 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1427  hypothetical protein  32.39 
 
 
254 aa  90.9  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.10917e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  38.98 
 
 
269 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  6.55346e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  38.98 
 
 
269 aa  90.9  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.06098e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  28.99 
 
 
249 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  38.98 
 
 
269 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  39.47 
 
 
242 aa  89.7  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  28.99 
 
 
249 aa  89.4  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  30.63 
 
 
245 aa  89.7  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.3069e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  39.83 
 
 
241 aa  89  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.29972e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  30 
 
 
304 aa  89  8e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  28.02 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  30.8 
 
 
279 aa  88.2  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3887  hypothetical protein  29.47 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  27.59 
 
 
240 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.57088e-08  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0767  tol-pal system protein YbgF  28.99 
 
 
249 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0348274  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0315  hypothetical protein  28.99 
 
 
249 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00113686  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0798  hypothetical protein  28.99 
 
 
249 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00161054  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  30.17 
 
 
301 aa  87  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  30.39 
 
 
236 aa  86.7  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  37.61 
 
 
239 aa  85.9  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.93452e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0780  tol-pal system protein YbgF  33.65 
 
 
265 aa  85.9  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  30.77 
 
 
248 aa  85.5  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  31.19 
 
 
188 aa  85.1  1e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0240  hypothetical protein  28.37 
 
 
278 aa  84  2e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  27.96 
 
 
243 aa  83.6  3e-15  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  38.26 
 
 
249 aa  82.4  7e-15  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.56054e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  38.26 
 
 
249 aa  82.4  7e-15  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.01827e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  38.26 
 
 
249 aa  82.4  7e-15  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.24758e-07  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>