More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0906 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 274 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  98.18 
 
 		 274 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  94.53 
 
 		 274 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  88.85 
 
 		 269 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  74.05 
 
 		 271 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  66.42 
 
 		 275 aa  363  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  58.52 
 
 		 294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  62.35 
 
 		 247 aa  316  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 373 aa  88.6  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 376 aa  75.5  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 438 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 377 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 375 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.23 
 
 		 389 aa  69.7  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 385 aa  68.9  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 106 aa  67  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 399 aa  66.6  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 353 aa  65.9  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 381 aa  65.5  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  31.53 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 385 aa  65.1  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  29.81 
 
 		 328 aa  65.1  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 392 aa  64.7  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 383 aa  64.3  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 422 aa  64.3  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 381 aa  63.9  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 377 aa  63.5  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 378 aa  62.8  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 349 aa  63.2  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  26.72 
 
 		 397 aa  63.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.57 
 
 		 394 aa  62.8  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 513 aa  62  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 347 aa  61.6  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 390 aa  60.8  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3314  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.48 
 
 		 389 aa  59.3  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 279 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  57  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 791 aa  56.2  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3084  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 363 aa  56.2  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 399 aa  55.8  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 277 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0279  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 401 aa  55.5  0.0000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3204  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  55.5  0.0000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 392 aa  55.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.95 
 
 		 398 aa  55.5  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 362 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 301 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  27.87 
 
 		 343 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  27.72 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 385 aa  54.3  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0717  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 273 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0940778 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 515 aa  54.3  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  29.76 
 
 		 318 aa  54.3  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 336 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 393 aa  53.9  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1639  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 270 aa  53.5  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.066752 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  32.61 
 
 		 1335 aa  53.9  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 492 aa  53.9  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  32.94 
 
 		 301 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5383  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 237 aa  53.5  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 364 aa  53.1  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0868  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 336 aa  53.1  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 278 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  27.21 
 
 		 993 aa  52.8  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  28.26 
 
 		 1296 aa  52.8  0.000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  29.55 
 
 		 320 aa  52.8  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  26.74 
 
 		 272 aa  52.8  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 309 aa  52.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 298 aa  52.4  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 318 aa  52.4  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  27.59 
 
 		 289 aa  52.4  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 274 aa  52.4  0.000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0092  helix-turn-helix domain-containing protein  31.76 
 
 		 745 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 367 aa  51.6  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 373 aa  52  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 382 aa  51.6  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 379 aa  51.6  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 156 aa  52  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 934 aa  51.6  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 345 aa  51.6  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  31.76 
 
 		 745 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3275  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 260 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>