More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0567 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0533  sensor protein PfeS  98.42 
 
 
442 aa  863    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0584  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  86.88 
 
 
448 aa  734    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3963  two-component sensor PfeS  79.33 
 
 
446 aa  672    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0578  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  92.99 
 
 
448 aa  797    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.317662  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
442 aa  876    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29360  two-component sensor PfeS  79.78 
 
 
446 aa  679    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124674  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52240  two-component sensor  53.27 
 
 
445 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.332832 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4220  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  51.92 
 
 
472 aa  426  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345357  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4580  sensor protein PfeS  54.4 
 
 
446 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.193076  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1254  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  51.35 
 
 
457 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877162  hitchhiker  0.000367617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1652  sensor histidine kinase  50.79 
 
 
458 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.736934  normal  0.804947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1214  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.79 
 
 
463 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4065  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.11 
 
 
463 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.860107  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37040  sensory histidine protein kinase, two component  50.9 
 
 
443 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.550956  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1732  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  47.4 
 
 
445 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.268392  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3412  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
471 aa  226  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3533  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.77 
 
 
449 aa  206  9e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00670789  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0795  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
444 aa  200  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3919  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
448 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370556  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06113  histidine kinase  29.75 
 
 
446 aa  182  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4461  histidine kinase  32.84 
 
 
452 aa  152  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3186  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 
469 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3792  sensor histidine kinase  36.16 
 
 
416 aa  150  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 
419 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335551  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2278  sensor histidine kinase  33.33 
 
 
465 aa  144  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2387  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 
420 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235334  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2596  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.19 
 
 
457 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.338905 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0705  sensor histidine kinase  36.73 
 
 
381 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529031 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3934  histidine kinase  31.51 
 
 
458 aa  143  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000220344  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2007  putative two-component system sensor kinase  27.85 
 
 
471 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0750477  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0715  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
445 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2573  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.58 
 
 
421 aa  140  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.236887 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0051  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
389 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 
459 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000458656  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  31.64 
 
 
449 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  0.0000000026524 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 
449 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3274  histidine kinase  34.15 
 
 
465 aa  133  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000371883  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 
449 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0772  histidine kinase  32 
 
 
456 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000128087  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3194  histidine kinase  34.67 
 
 
480 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7490  Signal transduction histidine kinase  27.7 
 
 
423 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 
429 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0255  histidine kinase  31.32 
 
 
458 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126812  decreased coverage  0.0000137847 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1392  sensor histidine kinase  29.28 
 
 
455 aa  129  7.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1604  sensor histidine kinase  29.28 
 
 
455 aa  130  7.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0988  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.85 
 
 
467 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00659588  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 
458 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0323249  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4561  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.98 
 
 
440 aa  129  8.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.102367  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 
458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00578995  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31140  sensory histidine protein kinase  35.03 
 
 
412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0370261  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 
454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018475  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3451  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
442 aa  128  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000191939 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 
454 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340802  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
446 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000501512  normal  0.872654 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
446 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0126885  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 
455 aa  127  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6516  histidine kinase  33.57 
 
 
429 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0252048 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1749  sensor protein CpxA  28.67 
 
 
472 aa  127  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0671148  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  30.65 
 
 
449 aa  126  9e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4011  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
446 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.704889  hitchhiker  0.0000182562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1803  sensor histidine kinase  36.46 
 
 
450 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43373  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06762  histidine kinase  30.58 
 
 
457 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0278  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
455 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000416507  hitchhiker  0.00000000404182 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  33.72 
 
 
453 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3591  sensor histidine kinase  36.81 
 
 
449 aa  124  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148051  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
459 aa  123  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000534801  unclonable  0.0000000336351 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15590  periplasmic sensory histidine protein kinase  38.05 
 
 
446 aa  122  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506473  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0366  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 
449 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00215301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1481  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 
446 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0335199  normal  0.0698163 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1194  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.89 
 
 
535 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00846308  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00536  putative sensor histidine kinase protein  31.86 
 
 
453 aa  121  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19410  histidine kinase with HAMP domain  34.57 
 
 
363 aa  120  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.241582  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3149  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 
546 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.305074  normal  0.0948904 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3571  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
455 aa  120  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382959  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000850  probable two-component system sensor kinase  27.58 
 
 
457 aa  120  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0135797  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4124  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 
485 aa  119  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0464  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 
614 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.778528  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1547  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.1 
 
 
613 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
466 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.445983  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22730  putative two-component sensor  37.27 
 
 
445 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.172157  normal  0.0503129 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.24 
 
 
454 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1550  Signal transduction histidine kinase-like protein  38.11 
 
 
1162 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2752  sensor histidine kinase CpxA  30.4 
 
 
449 aa  117  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2910  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
488 aa  117  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.988017  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3794  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
446 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000335712 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1673  sensor histidine kinase  37.45 
 
 
464 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1224  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.16 
 
 
563 aa  116  7.999999999999999e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.600367  normal  0.164924 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2673  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
452 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.319226  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1920  putative two-component sensor  30.94 
 
 
445 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3715  sensor histidine kinase  34.72 
 
 
536 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0148032 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0194  two-component system sensor protein, histidine kinase  25.51 
 
 
461 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0627121  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4244  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  38.36 
 
 
536 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1314  sensor histidine kinase CpxA  30.4 
 
 
449 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.20791e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6144  Signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 
433 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1425  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 
449 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00554351  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4596  osmolarity sensor protein  28.93 
 
 
430 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.115572  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2486  histidine kinase  32.23 
 
 
347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00937  sensor histidine kinase  30.14 
 
 
458 aa  113  5e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000560614  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0643  histidine kinase  33.21 
 
 
440 aa  113  8.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0290  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 
639 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.400694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>