More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0562 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 295 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  98.31 
 
 		 295 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  96.61 
 
 		 295 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  94.24 
 
 		 295 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  84.41 
 
 		 295 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  83.05 
 
 		 295 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  83.05 
 
 		 295 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  77.63 
 
 		 295 aa  421  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  78.64 
 
 		 295 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  77.63 
 
 		 295 aa  421  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  78.64 
 
 		 295 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  78.64 
 
 		 295 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  60.34 
 
 		 299 aa  330  2e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  58.64 
 
 		 300 aa  300  3e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  59.93 
 
 		 298 aa  296  4e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  54.86 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  54.79 
 
 		 296 aa  288  7e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  58.36 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  54.36 
 
 		 292 aa  278  6e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  55.24 
 
 		 295 aa  278  9e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  54.64 
 
 		 295 aa  276  3e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  53.29 
 
 		 291 aa  275  7e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  52.6 
 
 		 297 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  50 
 
 		 298 aa  273  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  53.29 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  48.98 
 
 		 294 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  57.34 
 
 		 294 aa  268  5.9999999999999995e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  52.25 
 
 		 293 aa  265  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  61.22 
 
 		 285 aa  265  7e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2183  Polyprenyl synthetase  54.7 
 
 		 297 aa  264  1e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000465843  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  53.26 
 
 		 297 aa  263  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  53.79 
 
 		 294 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  53.76 
 
 		 299 aa  262  4e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  51.9 
 
 		 293 aa  263  4e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  53.85 
 
 		 297 aa  262  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 		 294 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 		 294 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 		 294 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  55.71 
 
 		 295 aa  261  8.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2132  farnesyl-diphosphate synthase  54.39 
 
 		 296 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.47194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  55.48 
 
 		 302 aa  261  1e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  52.6 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  50 
 
 		 300 aa  261  1e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  52.6 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  52.6 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  49.32 
 
 		 293 aa  260  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  52.6 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  52.58 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 293 aa  260  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  52.6 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  52.6 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  52.58 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  52.6 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  46.81 
 
 		 294 aa  259  3e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 		 294 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  51.05 
 
 		 293 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  51.05 
 
 		 293 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  51.05 
 
 		 293 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 		 294 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  48.29 
 
 		 296 aa  258  8e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  50.7 
 
 		 293 aa  257  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  49.13 
 
 		 293 aa  257  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  50.68 
 
 		 294 aa  256  3e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  50.7 
 
 		 293 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2404  polyprenyl synthetase  52.61 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0620494  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  50.52 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1031  geranyltranstransferase  58.36 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1985  polyprenyl synthetase  55.28 
 
 		 307 aa  253  3e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  55.6 
 
 		 306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0831  farnesyl-diphosphate synthase  50.75 
 
 		 295 aa  252  6e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000171972  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  54.68 
 
 		 327 aa  252  6e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3084  geranyltranstransferase  55.63 
 
 		 303 aa  251  8.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4173  farnesyl-diphosphate synthase  49.82 
 
 		 316 aa  251  8.000000000000001e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  normal  0.522672 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0613  geranyltranstransferase  53.29 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  47.89 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  53.36 
 
 		 305 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1146  polyprenyl synthetase  54.04 
 
 		 293 aa  249  5e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3280  geranyltranstransferase  57.62 
 
 		 303 aa  248  8e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  45.08 
 
 		 297 aa  248  8e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  48.12 
 
 		 294 aa  247  1e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  52.01 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  49.31 
 
 		 300 aa  246  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2893  geranyltranstransferase  54.86 
 
 		 303 aa  245  8e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2176  polyprenyl synthetase  51.22 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000107352  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  47.96 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0888  geranyltranstransferase  54.92 
 
 		 299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  48.08 
 
 		 293 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  47.08 
 
 		 295 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  49.32 
 
 		 293 aa  243  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3252  geranyltranstransferase  54.27 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3111  geranyltranstransferase  54.27 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3949  polyprenyl synthetase  53.5 
 
 		 291 aa  243  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  48.14 
 
 		 293 aa  243  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  46.21 
 
 		 300 aa  241  7.999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  47.81 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  46.55 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1935  farnesyl-diphosphate synthase  51.92 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  45.86 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3073  geranyltranstransferase  53.92 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>