More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0088 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0072  quinone oxidoreductase  99.38 
 
 
325 aa  657    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.899686  hitchhiker  0.0000690857 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0088  alcohol dehydrogenase  97.23 
 
 
325 aa  644    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000155478 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0088  alcohol dehydrogenase  100 
 
 
325 aa  660    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0091  alcohol dehydrogenase  93.54 
 
 
325 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.547437  hitchhiker  0.0000221127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0173  quinone oxidoreductase  80 
 
 
325 aa  528  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0023  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  80 
 
 
325 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0021  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  79.08 
 
 
325 aa  528  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00189953  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00210  NADH-quinone oxidoreductase  72.92 
 
 
325 aa  495  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.336084  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0059  alcohol dehydrogenase  75.38 
 
 
325 aa  490  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0024  quinone oxidoreductase  70.46 
 
 
325 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.523604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00250  quinone oxidoreductase  71.38 
 
 
325 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1508  zinc-binding alcohol dehydrogenase  68.62 
 
 
325 aa  461  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0742  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  64.22 
 
 
329 aa  425  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3497  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  65.14 
 
 
327 aa  422  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0710  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  65.14 
 
 
331 aa  424  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.384403  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3635  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  64.83 
 
 
328 aa  419  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3856  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  61.77 
 
 
327 aa  412  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323591  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3766  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  61.77 
 
 
327 aa  412  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000252302  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4493  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  63 
 
 
327 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.966191  normal  0.0601641 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4588  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  63 
 
 
327 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4502  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  62.69 
 
 
327 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4587  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  62.69 
 
 
327 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0255  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  62.08 
 
 
327 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.263787  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4639  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  62.39 
 
 
327 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0687735 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03923  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  61.47 
 
 
327 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3942  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  61.77 
 
 
327 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03883  hypothetical protein  61.47 
 
 
327 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.82301  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4291  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  61.47 
 
 
327 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4603  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  61.47 
 
 
327 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5553  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  61.47 
 
 
327 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3977  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  61.47 
 
 
327 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.250547 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4512  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  61.47 
 
 
327 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4544  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  60.86 
 
 
327 aa  400  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4450  quinone oxidoreductase, NADPH-dependent  61.16 
 
 
329 aa  400  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.553295 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2503  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  58.15 
 
 
327 aa  384  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2184  NADPH:quinone reductase, zeta-crystallin homolog oxidoreductase protein  58.15 
 
 
324 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.200214  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1981  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  57.41 
 
 
326 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.642936 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1264  alcohol dehydrogenase  60.19 
 
 
327 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2381  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  56.79 
 
 
326 aa  376  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.722017  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0548  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  57.23 
 
 
324 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.967786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5834  quinone oxidoreductase (NADPH  60.8 
 
 
324 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487323  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2969  alcohol dehydrogenase  55.69 
 
 
324 aa  370  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1258  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  57.67 
 
 
328 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.292182  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3853  zinc-binding alcohol dehydrogenase  56.13 
 
 
344 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2740  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  57.06 
 
 
328 aa  363  2e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.42219  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2060  alcohol dehydrogenase  56.62 
 
 
324 aa  361  9e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.285411  normal  0.174232 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2235  alcohol dehydrogenase  56.13 
 
 
330 aa  360  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5617  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  55.38 
 
 
324 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0414164  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3468  alcohol dehydrogenase  55.83 
 
 
328 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.92927  normal  0.411159 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3232  alcohol dehydrogenase  56.62 
 
 
331 aa  357  9.999999999999999e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1191  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  55.08 
 
 
323 aa  356  1.9999999999999998e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.87291  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1228  alcohol dehydrogenase  55.83 
 
 
327 aa  356  2.9999999999999997e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1429  zinc-binding alcohol dehydrogenase  56.92 
 
 
331 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0988  alcohol dehydrogenase  55.08 
 
 
324 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1019  quinone oxidoreductase  54.77 
 
 
324 aa  353  2e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.527544  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3255  putative NADPH-quinone reductase  55.38 
 
 
324 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.953866 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1238  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  54.46 
 
 
324 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1305  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  56 
 
 
324 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.263394  normal  0.0862174 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1391  quinone oxidoreductase  54.46 
 
 
324 aa  352  7e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5388  alcohol dehydrogenase  56.4 
 
 
326 aa  350  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.497485 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1879  quinone oxidoreductase  54.15 
 
 
324 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0458768  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0363  quinone oxidoreductase  54.15 
 
 
324 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0787  quinone oxidoreductase  54.15 
 
 
324 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.399125  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1245  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  54.15 
 
 
324 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2472  alcohol dehydrogenase  56.04 
 
 
325 aa  350  2e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.439289  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1080  quinone oxidoreductase  54.15 
 
 
324 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169344  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3049  quinone oxidoreductase, putative  55.83 
 
 
331 aa  350  3e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658374  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1582  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  56 
 
 
324 aa  349  4e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.45945  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2313  alcohol dehydrogenase  54.77 
 
 
324 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.730105 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1678  zinc-binding alcohol dehydrogenase  54.77 
 
 
324 aa  346  3e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.05574  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2290  alcohol dehydrogenase  54.77 
 
 
324 aa  346  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2206  alcohol dehydrogenase  54.77 
 
 
324 aa  345  7e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.889298  normal  0.771237 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2328  alcohol dehydrogenase  54.77 
 
 
324 aa  345  7e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2985  alcohol dehydrogenase  56.92 
 
 
323 aa  344  1e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3620  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  54.77 
 
 
324 aa  343  2e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3228  alcohol dehydrogenase  54.77 
 
 
324 aa  342  4e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.603844 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0756  putative quinone oxidoreductase  66.67 
 
 
257 aa  341  1e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000103949  normal  0.101652 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5121  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  53.85 
 
 
324 aa  340  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4272  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  54.49 
 
 
323 aa  339  4e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0472622  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3903  alcohol dehydrogenase  54.18 
 
 
323 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.221632  normal  0.178635 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1644  alcohol dehydrogenase  52.92 
 
 
325 aa  334  1e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1694  zinc-binding alcohol dehydrogenase  53.85 
 
 
325 aa  332  7.000000000000001e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0377622  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1170  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  52.94 
 
 
331 aa  331  9e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.636549 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4375  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  53.56 
 
 
323 aa  331  1e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.313231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4840  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  54.91 
 
 
326 aa  331  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0102128  hitchhiker  0.00303362 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3028  alcohol dehydrogenase  54.77 
 
 
324 aa  330  2e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.915706  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0482  zinc-binding alcohol dehydrogenase  53.4 
 
 
322 aa  327  2.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3872  alcohol dehydrogenase  52.62 
 
 
324 aa  326  4.0000000000000003e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.772345 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4628  NADPH-dependent quinone oxidoreductase  52.62 
 
 
412 aa  325  5e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1596  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  51.84 
 
 
326 aa  325  6e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7175  alcohol dehydrogenase  51.85 
 
 
327 aa  324  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5285  NADPH-dependent quinone oxidoreductase  52.62 
 
 
326 aa  324  1e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2009  alcohol dehydrogenase  51.69 
 
 
323 aa  322  4e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.792874  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2148  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  49.69 
 
 
326 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3840  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  50.46 
 
 
323 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.38359  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1419  alcohol dehydrogenase  52.15 
 
 
325 aa  321  9.999999999999999e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173478  normal  0.0573079 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3010  zinc-binding alcohol dehydrogenase  52.94 
 
 
322 aa  321  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1585  alcohol dehydrogenase  53.07 
 
 
326 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2677  alcohol dehydrogenase  50.92 
 
 
326 aa  318  6e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2820  alcohol dehydrogenase  50.92 
 
 
326 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.516166 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>