More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0083 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 310 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  99.35 
 
 		 310 aa  620  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  98.06 
 
 		 310 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  95.48 
 
 		 310 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  87.7 
 
 		 319 aa  556  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  86.13 
 
 		 314 aa  547  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  84.52 
 
 		 314 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  81.29 
 
 		 310 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  80 
 
 		 314 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  80.97 
 
 		 314 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  75.73 
 
 		 325 aa  446  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  60.65 
 
 		 321 aa  395  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  59.87 
 
 		 318 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  59.49 
 
 		 311 aa  374  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  59.68 
 
 		 324 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  58.33 
 
 		 318 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  58.33 
 
 		 318 aa  375  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  59.35 
 
 		 315 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  59.34 
 
 		 318 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  57.69 
 
 		 318 aa  372  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  59.02 
 
 		 318 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  59.34 
 
 		 318 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  59.03 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  59.03 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  57.05 
 
 		 318 aa  370  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  58.71 
 
 		 315 aa  369  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  59.03 
 
 		 315 aa  369  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  58.69 
 
 		 318 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  59.03 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  58.36 
 
 		 318 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  59.03 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  59.03 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  57.69 
 
 		 329 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  58.71 
 
 		 315 aa  365  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  56.27 
 
 		 320 aa  366  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  56.77 
 
 		 315 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  60.47 
 
 		 322 aa  364  1e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  54.98 
 
 		 321 aa  363  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  58.39 
 
 		 315 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  58.39 
 
 		 315 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  58.39 
 
 		 315 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  58.39 
 
 		 315 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  58.39 
 
 		 315 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  56.13 
 
 		 314 aa  358  7e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2474  methionyl-tRNA formyltransferase  54.66 
 
 		 315 aa  358  8e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  57.88 
 
 		 315 aa  357  9.999999999999999e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.483115  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  58.39 
 
 		 315 aa  357  9.999999999999999e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  56.91 
 
 		 313 aa  356  1.9999999999999998e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  58.06 
 
 		 313 aa  354  8.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  55.45 
 
 		 316 aa  354  1e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  57 
 
 		 319 aa  354  1e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  56.13 
 
 		 320 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  54.84 
 
 		 315 aa  350  3e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  56.77 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  56.77 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  56.77 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  53.87 
 
 		 315 aa  345  4e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  53.85 
 
 		 312 aa  345  8e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  53.21 
 
 		 315 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2647  hypothetical protein  52.58 
 
 		 314 aa  341  1e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  58.68 
 
 		 325 aa  341  1e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  57.33 
 
 		 318 aa  337  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2517  hypothetical protein  52.26 
 
 		 314 aa  336  2.9999999999999997e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  55.59 
 
 		 307 aa  326  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  51.45 
 
 		 312 aa  323  2e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  56.39 
 
 		 307 aa  323  2e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  56.72 
 
 		 307 aa  321  9.000000000000001e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  53.38 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  56.39 
 
 		 307 aa  321  9.999999999999999e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0040  methionyl-tRNA formyltransferase  50.96 
 
 		 317 aa  319  3.9999999999999996e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  55.19 
 
 		 320 aa  315  6e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  50.16 
 
 		 332 aa  315  6e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  50.81 
 
 		 312 aa  315  9e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  54.87 
 
 		 307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  49.03 
 
 		 314 aa  308  5.9999999999999995e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  49.03 
 
 		 314 aa  308  5.9999999999999995e-83  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  47.98 
 
 		 327 aa  306  3e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  53.04 
 
 		 308 aa  305  6e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  50.67 
 
 		 323 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0415  methionyl-tRNA formyltransferase  48.39 
 
 		 311 aa  300  2e-80  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.467918  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  52.65 
 
 		 311 aa  295  7e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  48.06 
 
 		 318 aa  295  1e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  47.74 
 
 		 318 aa  292  5e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2383  methionyl-tRNA formyltransferase  50.63 
 
 		 348 aa  290  3e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.596014  normal  0.0248257 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  46.13 
 
 		 317 aa  288  9e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  53.59 
 
 		 327 aa  286  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  54.17 
 
 		 309 aa  287  2e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  51.13 
 
 		 327 aa  286  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  51.13 
 
 		 327 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  46.45 
 
 		 313 aa  285  5e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4638  methionyl-tRNA formyltransferase  51.46 
 
 		 357 aa  285  9e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.857325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  47.42 
 
 		 315 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  46.49 
 
 		 311 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2139  methionyl-tRNA formyltransferase  46.39 
 
 		 361 aa  283  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931795 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2272  methionyl-tRNA formyltransferase  52.35 
 
 		 320 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00775496 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  51.69 
 
 		 299 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0393  methionyl-tRNA formyltransferase  51.52 
 
 		 312 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.894516  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2467  methionyl-tRNA formyltransferase  47.02 
 
 		 363 aa  283  4.0000000000000003e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0926432 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  52.1 
 
 		 327 aa  280  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  51.86 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>