81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_R0049 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_R0073  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.091827  normal  0.542101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0049  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.650084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0050  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.458136  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t59  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  141  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23444  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t37  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0453949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA44  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0803701  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R49  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334136 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  92.54 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  0.00000662167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  94.44 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  88.52 
 
 		 462 bp  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0019  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.644685  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0060  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0916033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0016  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.47627  normal  0.431701 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0012  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.245718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0024  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0036  tRNA-Cys  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0579773 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0034  tRNA-Cys  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  0.65843 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0045  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0596059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0057  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.680669  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0038  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0039  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00215479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0050  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000242266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0047  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.314349  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0039  tRNA-Cys  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217901 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3267  tRNA-Cys  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2056  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000925021  hitchhiker  0.000585084 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4237  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.48815e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0073  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000369177  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0068  tRNA-Cys  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.505859  hitchhiker  0.00111076 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna22  tRNA-Cys  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0041  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2099  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.0154301 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5038  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000304834  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1177  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000000957331  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1300  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000293612  hitchhiker  0.000000418527 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2682  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000012319  normal  0.0455137 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0050  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.019086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0045  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000913492  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2158  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  hitchhiker  0.000000000143723 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2106  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000475423  hitchhiker  1.49698e-16 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0045  tRNA-Cys  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.155229 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0984  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000166451  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0047  tRNA-Cys  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.603755  normal  0.101389 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00030  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000465953  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1273  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  hitchhiker  0.000536522 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0050  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000510343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4670  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.8536599999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0056  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00141577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0090  tRNA-Cys  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00230411  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0065  tRNA-Cys  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000190442  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0014  tRNA-Cys  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>