196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_R0042 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_R0065  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.401468  normal  0.0428865 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0042  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.811413  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t52  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329875  normal  0.0339044 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  91.8 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1765  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000020879  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1770  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000135684  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1774  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900033  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1776  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000114198  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.0000965884  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000146268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0006  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0901728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.17393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  86.79 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  85.96 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0051  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0246748  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  85 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0049  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000350278 
 
 
-
 
NC_003295  RS03461  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0132208  normal  0.375056 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.247975  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2360  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0076  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606872  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0006  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t14  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1060  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00148501  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0068  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000478917  normal  0.0818589 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0068  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000144281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0079  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0546464 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0066  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000299649  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0076  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.445287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  83.58 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>