More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_R0025 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_R0048  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0601001  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t20  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t22  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t30  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111782  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t32  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA37  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA39  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783995  normal  0.143525 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA58  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.237213  normal  0.68605 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA60  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.095942  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R33  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R35  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R62  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R64  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R66  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0030  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0731495 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0030  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.044277  normal  0.615022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0028  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0423864  normal  0.609581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0052  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.514953 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1998  tRNA-Glu  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0025  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.797735  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1996  tRNA-Glu  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0081  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.863726  normal  0.5241 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0050  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.652046 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0043  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0888454 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0052  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.233686  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0050  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119449  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0041  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0885225 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0023  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.834038  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0032  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0707402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2336  tRNA-Glu  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0131684  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0034  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.103972 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0048  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.670571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0079  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.672863  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0074  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.562141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0072  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0070  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.924064  normal  0.541649 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t31  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.281788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t33  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t38  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444842  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t40  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.1195  normal  0.0190117 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t42  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0670416  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60540  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.454942  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23580  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27600  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0544848  hitchhiker  0.00250338 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60520  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.671804  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60120  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0066  tRNA-Glu  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0228326  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0102  tRNA-Glu  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0016  tRNA-Glu  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000647027  hitchhiker  0.00000106632 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0002  tRNA-Glu  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0220588  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0035  tRNA-Glu  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000448273  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0037  tRNA-Glu  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000193498  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0036  tRNA-Glu  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000110474  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0034  tRNA-Glu  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00458122  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0086  tRNA-Glu  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.138064  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00064  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0611511  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00073  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.101192  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00078  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00645399  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0028  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000151808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0089  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0392203  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0097  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.442636  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0112  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000205577  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3593  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242982  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0112  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.010822  hitchhiker  0.00272786 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5105  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0706149  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4512  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00641389  normal  0.576073 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4125  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00109058  normal  0.113801 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4233  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000331616  normal  0.0574538 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4416  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000380054  hitchhiker  0.00248894 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0032  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000829453  hitchhiker  0.0000151548 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2744  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0202899  normal  0.795242 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4707  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000513292  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4465  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000990931  hitchhiker  0.00000000000884096 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3665  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0302552  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3699  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0040697  normal  0.0437365 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4510  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0115463  normal  0.0174598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4223  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0747628  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2874  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.403763 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4173  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00665107  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4389  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal  0.7898 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4102  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.116386  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2853  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0537203  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0129  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00335623  normal  0.0126805 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4716  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000625265  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5097  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000188223  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5082  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0023409  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0088  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00276432  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0090  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00102507  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0092  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000105241  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0094  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000925295  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0095  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000290046  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0096  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000128006  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0097  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000012419  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4327  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000475323  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4458  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0692997  hitchhiker  0.00363105 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3056  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0721496  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4502  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00140691  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2873  tRNA-Glu  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.174339  normal  0.2866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0008  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.029159  normal  0.0288609 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0067  tRNA-Glu  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000550936  normal  0.0102746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>