More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_5097 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  91.4 
 
 		 535 aa  943    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  69.89 
 
 		 538 aa  751    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  91.78 
 
 		 535 aa  945    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  92.11 
 
 		 532 aa  945    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  100 
 
 		 542 aa  1097    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  37.4 
 
 		 529 aa  287  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  34.54 
 
 		 530 aa  274  3e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  36.28 
 
 		 523 aa  269  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  33.27 
 
 		 520 aa  260  4e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  46.6 
 
 		 538 aa  258  1e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  37.01 
 
 		 537 aa  258  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  34.08 
 
 		 522 aa  258  3e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  32.7 
 
 		 530 aa  254  4.0000000000000004e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  33.08 
 
 		 530 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.86 
 
 		 516 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.86 
 
 		 516 aa  238  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.86 
 
 		 516 aa  237  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.86 
 
 		 516 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  30.6 
 
 		 525 aa  235  1.0000000000000001e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.42 
 
 		 516 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  42.54 
 
 		 374 aa  234  4.0000000000000004e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.59 
 
 		 516 aa  224  4e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.99 
 
 		 516 aa  224  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.99 
 
 		 518 aa  223  7e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  30.92 
 
 		 516 aa  223  8e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  32.04 
 
 		 522 aa  223  8e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  30.92 
 
 		 516 aa  223  8e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.18 
 
 		 518 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  30.8 
 
 		 516 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.54 
 
 		 533 aa  222  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.97 
 
 		 498 aa  220  5e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.85 
 
 		 533 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.85 
 
 		 516 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.85 
 
 		 533 aa  217  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  45.63 
 
 		 528 aa  216  7e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.85 
 
 		 533 aa  216  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  43.5 
 
 		 528 aa  206  8e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  43.5 
 
 		 528 aa  206  8e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  43.5 
 
 		 528 aa  206  8e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  43.8 
 
 		 528 aa  206  8e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  43.8 
 
 		 528 aa  206  8e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  43.5 
 
 		 528 aa  206  8e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  43.09 
 
 		 528 aa  205  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  30.23 
 
 		 544 aa  204  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  42.45 
 
 		 528 aa  204  3e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00412  hypothetical protein  39.71 
 
 		 406 aa  203  8e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0975  EAL domain protein  28.57 
 
 		 538 aa  195  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  38.58 
 
 		 687 aa  192  9e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3097  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.88 
 
 		 533 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.230012  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  33.19 
 
 		 536 aa  191  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4938  putative lipoprotein  39.15 
 
 		 686 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.37 
 
 		 818 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  40.62 
 
 		 1346 aa  181  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0397  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.21 
 
 		 818 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  30.84 
 
 		 516 aa  182  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4365  GGDEF domain/EAL domain protein  40 
 
 		 683 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.52 
 
 		 646 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4060  GGDEF  38.91 
 
 		 705 aa  181  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1789  EAL domain protein  36.62 
 
 		 524 aa  180  4.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.302029  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.43 
 
 		 711 aa  178  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.444283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4487  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.92 
 
 		 683 aa  177  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0293073 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05448  hypothetical protein  36.99 
 
 		 489 aa  176  9e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0914  GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 693 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.398639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.64 
 
 		 694 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0447  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.08 
 
 		 549 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.03 
 
 		 730 aa  173  7.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36260  putative signal transduction protein  39.6 
 
 		 531 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.104592  hitchhiker  0.00880546 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4474  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.35 
 
 		 683 aa  173  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192175 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0980  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.4 
 
 		 683 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000403216 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.8 
 
 		 644 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.8 
 
 		 644 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.72 
 
 		 646 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37830  GGDEF domain-containing protein  39.45 
 
 		 691 aa  171  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.42033  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.41 
 
 		 685 aa  171  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 586 aa  171  3e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.35 
 
 		 871 aa  171  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.829365  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.04 
 
 		 645 aa  171  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  40 
 
 		 1245 aa  171  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  40 
 
 		 1245 aa  171  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3878  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.58 
 
 		 892 aa  171  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  40.16 
 
 		 1415 aa  171  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.72 
 
 		 646 aa  170  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  39.1 
 
 		 526 aa  171  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0630  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.45 
 
 		 585 aa  170  6e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0160579 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  40.16 
 
 		 1410 aa  170  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  30.83 
 
 		 511 aa  170  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  35.98 
 
 		 865 aa  170  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2447  signal transduction protein  39.27 
 
 		 965 aa  170  8e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.936876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.6 
 
 		 796 aa  170  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.33 
 
 		 646 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  34.36 
 
 		 921 aa  169  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.16 
 
 		 1076 aa  169  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.67 
 
 		 821 aa  169  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.49 
 
 		 921 aa  169  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  38.98 
 
 		 1141 aa  169  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.82 
 
 		 643 aa  169  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1475  hypothetical protein  38.52 
 
 		 842 aa  169  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.35 
 
 		 1209 aa  168  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.35 
 
 		 1209 aa  168  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.94 
 
 		 692 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.844542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>