More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4996 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
328 aa  671    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  89.63 
 
 
328 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  90.24 
 
 
342 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  91.16 
 
 
342 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  79.87 
 
 
329 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  71.21 
 
 
332 aa  484  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  70.91 
 
 
335 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  67.39 
 
 
323 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  67.3 
 
 
323 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  69.91 
 
 
327 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.74 
 
 
1143 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.74 
 
 
1143 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  33.67 
 
 
317 aa  166  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.24 
 
 
312 aa  166  5e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.46 
 
 
710 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 
572 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.89 
 
 
310 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  46.02 
 
 
247 aa  156  4e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.89 
 
 
310 aa  156  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  30.97 
 
 
338 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.99 
 
 
314 aa  155  9e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.6 
 
 
827 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.99 
 
 
1785 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.69 
 
 
352 aa  152  5.9999999999999996e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.75 
 
 
730 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  46.43 
 
 
1774 aa  151  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.31 
 
 
341 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  34.32 
 
 
451 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.43 
 
 
594 aa  150  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 
625 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.4 
 
 
683 aa  147  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 
531 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 
751 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  31.4 
 
 
318 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.56 
 
 
463 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  29.17 
 
 
912 aa  144  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.55 
 
 
1021 aa  143  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.28 
 
 
769 aa  144  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  36.6 
 
 
602 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.74 
 
 
450 aa  142  9e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.41 
 
 
578 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.41 
 
 
1000 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.62 
 
 
407 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  35.42 
 
 
626 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.45 
 
 
1114 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
492 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.18 
 
 
364 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.77 
 
 
325 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.23 
 
 
1101 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  42.93 
 
 
626 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.5 
 
 
519 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  36 
 
 
1037 aa  139  7e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  33.83 
 
 
540 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.77 
 
 
843 aa  138  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 
796 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  30.99 
 
 
470 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 
796 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 
800 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 
334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  46.39 
 
 
377 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  31.91 
 
 
808 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  33.48 
 
 
611 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  33.58 
 
 
476 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.15 
 
 
444 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 
796 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
422 aa  136  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  31.49 
 
 
429 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  47.67 
 
 
508 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  31.91 
 
 
320 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  30.1 
 
 
449 aa  135  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.23 
 
 
438 aa  135  8e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.12 
 
 
314 aa  135  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  41.4 
 
 
321 aa  135  9e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  30.09 
 
 
638 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.16 
 
 
1514 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  41.07 
 
 
821 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32 
 
 
423 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  31.19 
 
 
548 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  41.76 
 
 
552 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  34.01 
 
 
350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  45.83 
 
 
474 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1723  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.48 
 
 
733 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0254567  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.16 
 
 
1514 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  32.89 
 
 
318 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 
1078 aa  133  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  39.15 
 
 
582 aa  133  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  31.01 
 
 
450 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  40.45 
 
 
408 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0942  GGDEF domain-containing protein  39.04 
 
 
335 aa  132  6e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  33.47 
 
 
634 aa  132  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 
322 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.9 
 
 
921 aa  132  7.999999999999999e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
397 aa  132  9e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  42.35 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.55 
 
 
1072 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  38.78 
 
 
345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  33.22 
 
 
635 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
295 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  42.54 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  36.65 
 
 
768 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>