121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4952 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4952  LysM domain/BON superfamily protein  100 
 
 
150 aa  301  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182933  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0258  LysM domain/BON superfamily protein  96.58 
 
 
146 aa  284  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0155386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0273  LysM domain/BON superfamily protein  96.58 
 
 
146 aa  284  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0283  LysM domain/BON superfamily protein  96.58 
 
 
146 aa  283  5e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0282  LysM domain/BON superfamily protein  80.14 
 
 
146 aa  224  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5918  LysM domain/BON superfamily protein  71.92 
 
 
145 aa  207  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68400  LysM domain/BON superfamily protein  71.23 
 
 
145 aa  205  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00863438  normal  0.536726 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4943  LysM domain/BON superfamily protein  64.83 
 
 
146 aa  191  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5404  LysM domain protein  60.69 
 
 
146 aa  181  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  56.67 
 
 
148 aa  157  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02521  hypothetical protein  56 
 
 
149 aa  155  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1018  Peptidoglycan-binding LysM  56 
 
 
149 aa  155  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2800  LysM domain/BON superfamily protein  56 
 
 
149 aa  155  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2945  LysM domain/BON superfamily protein  56 
 
 
149 aa  155  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1041  LysM domain/BON superfamily protein  56 
 
 
149 aa  155  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2785  LysM domain/BON superfamily protein  56 
 
 
149 aa  155  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.267708 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02485  hypothetical protein  56 
 
 
149 aa  155  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3216  LysM domain/BON superfamily protein  56 
 
 
149 aa  155  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3907  LysM domain/BON superfamily protein  56 
 
 
149 aa  155  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.979345  normal  0.391605 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2992  LysM domain/BON superfamily protein  54 
 
 
149 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.021376 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2975  LysM domain/BON superfamily protein  54 
 
 
149 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.870465  normal  0.0673181 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2940  LysM domain/BON superfamily protein  54 
 
 
149 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.137331 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2908  LysM domain/BON superfamily protein  54 
 
 
149 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3097  LysM domain/BON superfamily protein  54 
 
 
149 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0302  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  48.7 
 
 
155 aa  134  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  46.67 
 
 
163 aa  133  8e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  47.17 
 
 
156 aa  129  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  47.17 
 
 
162 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  43.71 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  47.17 
 
 
162 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  44.17 
 
 
166 aa  128  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  46.2 
 
 
153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  47.47 
 
 
158 aa  125  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  51.97 
 
 
154 aa  124  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  46.15 
 
 
158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  48.08 
 
 
156 aa  120  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  48.08 
 
 
156 aa  120  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  41.88 
 
 
161 aa  120  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  48.08 
 
 
156 aa  120  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  41.88 
 
 
161 aa  120  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  47.44 
 
 
156 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 
167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  46.45 
 
 
156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  41.07 
 
 
185 aa  118  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  45.81 
 
 
156 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  41.88 
 
 
161 aa  117  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  41.51 
 
 
160 aa  116  9e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  46.79 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3255  LysM domain/BON superfamily protein  45.22 
 
 
157 aa  110  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0459  LysM domain/BON superfamily protein  38.92 
 
 
168 aa  106  9.000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  37.95 
 
 
195 aa  105  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  41.38 
 
 
143 aa  105  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0523  LysM domain/BON superfamily protein  38.69 
 
 
168 aa  103  6e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000072506  hitchhiker  0.00844539 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0518  LysM domain/BON superfamily protein  38.69 
 
 
168 aa  103  7e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000100124  decreased coverage  0.00200043 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2427  LysM domain/BON superfamily protein  36.42 
 
 
156 aa  92  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2264  LysM domain/BON superfamily protein  36.42 
 
 
156 aa  92  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2304  LysM domain/BON superfamily protein  36.42 
 
 
156 aa  92  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2167  LysM domain/BON superfamily protein  38.71 
 
 
156 aa  90.9  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.420767  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 
97 aa  64.3  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  36.73 
 
 
219 aa  61.2  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  49.15 
 
 
651 aa  60.5  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 
309 aa  57  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  46.55 
 
 
546 aa  56.6  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 
230 aa  54.7  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  29.45 
 
 
546 aa  54.3  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  39.66 
 
 
572 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1464  LysM domain-containing protein  46 
 
 
229 aa  52.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.026138  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  47.06 
 
 
352 aa  52.4  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1766  hypothetical protein  46.15 
 
 
531 aa  52.8  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.905557  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2193  peptidoglycan-binding LysM  41.67 
 
 
521 aa  52  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.81786  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  33.72 
 
 
428 aa  52  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  42.31 
 
 
242 aa  51.2  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 
439 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1474  hypothetical protein  37.29 
 
 
663 aa  51.2  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.234073  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4237  peptidoglycan-binding LysM  46.67 
 
 
1910 aa  51.2  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618664  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
234 aa  50.4  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 
339 aa  50.1  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 
451 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  38.78 
 
 
404 aa  49.3  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0490  peptidoglycan-binding LysM  40.38 
 
 
291 aa  48.9  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000860962  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  42.86 
 
 
405 aa  48.9  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  38.78 
 
 
404 aa  49.3  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1112  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 
322 aa  48.9  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1623  Peptidoglycan-binding LysM  36.36 
 
 
232 aa  48.5  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000375126  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  44.9 
 
 
440 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 
440 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  36.21 
 
 
511 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  26.79 
 
 
382 aa  48.1  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  36.21 
 
 
511 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2328  Transglycosylase domain protein  47.92 
 
 
256 aa  47.8  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00483486  hitchhiker  0.000113604 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1869  peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 
367 aa  47.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 
334 aa  47.4  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4527  peptidoglycan-binding LysM  32.69 
 
 
123 aa  47.4  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.292703  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1323  Peptidoglycan-binding LysM  42 
 
 
230 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.6395e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2902  Peptidoglycan-binding LysM  42 
 
 
230 aa  46.6  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000393442  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2795  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.32 
 
 
233 aa  46.6  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.683971  normal  0.0904413 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  43.14 
 
 
234 aa  45.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 
1051 aa  45.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2195  peptidoglycan-binding LysM  40.38 
 
 
238 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000396131  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  37.7 
 
 
552 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.772795 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>