More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4718 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4718  single-stranded DNA-binding protein  100 
 
 
183 aa  373  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.336644 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  71.51 
 
 
162 aa  254  6e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4136  single-strand binding protein  74.46 
 
 
165 aa  250  7e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0656  single-stranded DNA-binding protein  77.84 
 
 
189 aa  246  9e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4518  single-stranded DNA-binding protein  78.34 
 
 
183 aa  240  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142427  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5049  single-stranded DNA-binding protein  82.51 
 
 
172 aa  238  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274707  normal  0.047816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0514  single-stranded DNA-binding protein  96.4 
 
 
181 aa  224  7e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0485  single-stranded DNA-binding protein  96.4 
 
 
181 aa  224  7e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0174674 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0518  single-stranded DNA-binding protein  96.4 
 
 
181 aa  224  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.183562 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  59.78 
 
 
167 aa  200  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  60.33 
 
 
165 aa  190  9e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  60.33 
 
 
165 aa  190  9e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  54.1 
 
 
168 aa  187  7e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  55.74 
 
 
182 aa  186  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  53.51 
 
 
175 aa  184  6e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  56.83 
 
 
171 aa  184  6e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  55.74 
 
 
178 aa  180  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  55.74 
 
 
178 aa  180  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  55.74 
 
 
178 aa  180  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  55.74 
 
 
178 aa  180  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  55.74 
 
 
178 aa  180  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  55.74 
 
 
178 aa  180  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  55.74 
 
 
178 aa  180  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  55.74 
 
 
178 aa  180  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  54.64 
 
 
181 aa  178  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  67.42 
 
 
231 aa  178  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  51.03 
 
 
175 aa  178  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  56.15 
 
 
176 aa  177  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  69.57 
 
 
175 aa  176  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  54.59 
 
 
177 aa  175  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  56.68 
 
 
180 aa  174  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0327  single-strand binding protein  50.48 
 
 
201 aa  174  5e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00747942  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  59.76 
 
 
222 aa  174  7e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  60.53 
 
 
234 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  60.53 
 
 
234 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  60.53 
 
 
234 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  68.33 
 
 
238 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  51.1 
 
 
150 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  56.45 
 
 
181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  50.27 
 
 
165 aa  172  2.9999999999999996e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  73.87 
 
 
234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  54.55 
 
 
180 aa  171  5e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  49.46 
 
 
158 aa  171  5.999999999999999e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  54.59 
 
 
182 aa  171  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  48.91 
 
 
158 aa  171  6.999999999999999e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  57.67 
 
 
174 aa  170  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  70.27 
 
 
182 aa  169  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  70.27 
 
 
182 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  70.27 
 
 
182 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  69.37 
 
 
236 aa  168  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  54.1 
 
 
176 aa  167  9e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  53.93 
 
 
236 aa  166  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  47.85 
 
 
159 aa  166  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  69.37 
 
 
236 aa  166  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  47.85 
 
 
159 aa  166  2e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  59.12 
 
 
196 aa  162  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  63.25 
 
 
178 aa  162  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  50 
 
 
184 aa  162  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  48.91 
 
 
155 aa  162  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  63.48 
 
 
183 aa  161  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  57.61 
 
 
176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  57.61 
 
 
176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  57.61 
 
 
176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4247  single-strand binding protein  59.56 
 
 
246 aa  161  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.301307  hitchhiker  0.0000000000394233 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  57.61 
 
 
176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  57.61 
 
 
176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  47.85 
 
 
188 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  53.04 
 
 
173 aa  159  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  46.96 
 
 
151 aa  159  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  66.96 
 
 
154 aa  159  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  61.4 
 
 
161 aa  158  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  61.4 
 
 
161 aa  158  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  67.57 
 
 
200 aa  157  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1550  single-stranded DNA-binding protein  46.67 
 
 
177 aa  157  9e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.202411  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5215  single-stranded DNA-binding protein  46.67 
 
 
177 aa  157  9e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  54.91 
 
 
235 aa  157  9e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  50 
 
 
157 aa  156  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  47.22 
 
 
190 aa  157  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  49.71 
 
 
222 aa  156  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  51.65 
 
 
175 aa  155  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  48.07 
 
 
151 aa  154  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  45 
 
 
152 aa  154  8e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  62.61 
 
 
188 aa  153  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  62.5 
 
 
178 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  59.32 
 
 
130 aa  153  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  48.89 
 
 
167 aa  154  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  58.47 
 
 
130 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  45.65 
 
 
175 aa  151  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1958  single-strand binding protein  45.5 
 
 
219 aa  151  5e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000182579  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0422  single-stranded DNA-binding protein  60.91 
 
 
178 aa  150  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2140  single-strand binding protein  48.37 
 
 
160 aa  150  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0840686 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  61.82 
 
 
233 aa  150  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0611  single-stranded DNA-binding protein  57.26 
 
 
168 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0751618  hitchhiker  0.00325806 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  61.4 
 
 
160 aa  149  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  44.81 
 
 
163 aa  149  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0304  single-stranded DNA-binding protein  61.68 
 
 
185 aa  148  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.895882 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0277  single-stranded DNA-binding protein  61.68 
 
 
185 aa  148  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1683  putative single-strand binding protein  44.75 
 
 
213 aa  147  7e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  44.2 
 
 
164 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  44.2 
 
 
164 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>