78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4588 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4588  lipoprotein  100 
 
 
189 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0554174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0615  hypothetical protein  89.42 
 
 
189 aa  311  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157882  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0576  putative lipoprotein  89.95 
 
 
189 aa  289  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0621  lipoprotein  88.89 
 
 
189 aa  286  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0304887 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0639  putative lipoprotein  61.9 
 
 
188 aa  251  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0346116  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0738  lipoprotein, putative  61.7 
 
 
187 aa  228  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5515  putative lipoprotein  68.82 
 
 
187 aa  224  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63340  putative lipoprotein  68.82 
 
 
187 aa  224  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0331775  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0635  putative lipoprotein  70.27 
 
 
185 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07240  hypothetical protein  60.82 
 
 
181 aa  218  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0738  hypothetical protein  66.86 
 
 
184 aa  199  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2845  hypothetical protein  34.22 
 
 
185 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0259997  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1240  hypothetical protein  31.02 
 
 
186 aa  102  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.185429 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1340  hypothetical protein  32.26 
 
 
189 aa  99.4  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00506631  hitchhiker  0.000123504 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1843  conserved hypothetical protein, secreted  31.15 
 
 
176 aa  99  4e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.547906  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1135  hypothetical protein  34.22 
 
 
185 aa  99  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.616749  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2676  hypothetical protein  28.27 
 
 
185 aa  93.6  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000868105  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2469  hypothetical protein  31.55 
 
 
186 aa  91.7  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.456513  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5514  hypothetical protein  38.18 
 
 
206 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4587  lipoprotein  34.83 
 
 
211 aa  89  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0864021 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63320  hypothetical protein  37.58 
 
 
206 aa  87  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.382346  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1347  hypothetical protein  34.04 
 
 
186 aa  85.9  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000908641  hitchhiker  0.0000000000414512 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3016  hypothetical protein  34.04 
 
 
186 aa  85.9  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000842441  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3174  hypothetical protein  34.04 
 
 
186 aa  85.9  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00025899  hitchhiker  0.00653995 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3031  hypothetical protein  34.04 
 
 
186 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000103923  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2678  hypothetical protein  32.62 
 
 
186 aa  84.7  8e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.019239  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1273  hypothetical protein  31.22 
 
 
186 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000675373  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1202  hypothetical protein  31.22 
 
 
186 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0005069  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3343  hypothetical protein  31.55 
 
 
186 aa  84  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1203  hypothetical protein  30.69 
 
 
186 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.063894  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0469  hypothetical protein  29.63 
 
 
174 aa  81.6  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1147  hypothetical protein  28.95 
 
 
187 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00658881  normal  0.0364761 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1006  hypothetical protein  28 
 
 
196 aa  72.8  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.230842 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1947  putative lipoprotein  29.19 
 
 
188 aa  72  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00779715 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1660  hypothetical protein  28.33 
 
 
195 aa  70.9  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.715972  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3290  hypothetical protein  29.38 
 
 
178 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000451719  normal  0.223494 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1528  hypothetical protein  29.79 
 
 
201 aa  70.9  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07250  lipoprotein  32.12 
 
 
201 aa  70.9  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1068  hypothetical protein  29.38 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000510345  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1478  hypothetical protein  30.77 
 
 
189 aa  70.1  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.840474  normal  0.345122 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1101  hypothetical protein  29.38 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  normal  0.0488625 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0640  putative lipoprotein  30.37 
 
 
212 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.508137  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0999  hypothetical protein  28.87 
 
 
178 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000998217  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0616  hypothetical protein  32.26 
 
 
211 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.145127  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0577  hypothetical protein  31.65 
 
 
231 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.603488 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0622  hypothetical protein  31.34 
 
 
211 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0113849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0739  hypothetical protein  31.18 
 
 
193 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0739  lipoprotein, putative  29.03 
 
 
212 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0634  putative lipoprotein  33.66 
 
 
203 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1146  hypothetical protein  25.26 
 
 
192 aa  63.5  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1907  hypothetical protein  27.43 
 
 
178 aa  62.4  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.905779  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1007  hypothetical protein  29.21 
 
 
178 aa  61.2  0.000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613639  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3161  hypothetical protein  23.63 
 
 
191 aa  61.2  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6525  hypothetical protein  27.66 
 
 
189 aa  60.1  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000348  hypothetical protein  24.06 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2803  hypothetical protein  28.9 
 
 
175 aa  59.3  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.316903  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1595  hypothetical protein  26.46 
 
 
194 aa  58.5  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0515991  normal  0.107651 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00590  putative lipoprotein  28.33 
 
 
183 aa  57.8  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.966617  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4152  putative lipoprotein  25 
 
 
183 aa  57.4  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255284  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06158  hypothetical protein  25.84 
 
 
172 aa  56.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0978  hypothetical protein  26.01 
 
 
196 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.133342  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1027  hypothetical protein  30.32 
 
 
179 aa  53.9  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000130627  normal  0.110707 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3090  hypothetical protein  27.93 
 
 
175 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00239332  normal  0.428293 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3009  hypothetical protein  27.42 
 
 
178 aa  53.1  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  normal  0.0687233 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00940  hypothetical protein  28.48 
 
 
200 aa  53.5  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.292932  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0893  hypothetical protein  28.11 
 
 
179 aa  53.9  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000267629  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1605  hypothetical protein  25.77 
 
 
192 aa  52.8  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6323  putative lipoprotein  21.72 
 
 
189 aa  52.8  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0498  putative lipoprotein  23.81 
 
 
187 aa  52.8  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3597  hypothetical protein  27.42 
 
 
178 aa  52.8  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2866  hypothetical protein  25.13 
 
 
175 aa  51.6  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3187  hypothetical protein  28.19 
 
 
178 aa  50.4  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00707615  normal  0.59429 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4076  hypothetical protein  27.12 
 
 
186 aa  50.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0406  putative lipoprotein  25.15 
 
 
178 aa  47  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0959  hypothetical protein  27.55 
 
 
209 aa  46.6  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203172  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05585  hypothetical protein  25.54 
 
 
173 aa  47  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1444  putative lipoprotein  28.57 
 
 
191 aa  44.7  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0676228  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0934  hypothetical protein  24.44 
 
 
192 aa  44.3  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>