More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4297 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  99.4 
 
 
336 aa  660    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  99.11 
 
 
336 aa  660    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  100 
 
 
336 aa  663    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  99.4 
 
 
336 aa  660    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  93.15 
 
 
336 aa  624  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  92.56 
 
 
336 aa  624  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  93.15 
 
 
336 aa  625  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  89.88 
 
 
336 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  88.1 
 
 
336 aa  595  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0840  alkaline phosphatase  90.18 
 
 
336 aa  593  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12510  dipeptide ABC transporter, inner membrane permease component  83.33 
 
 
336 aa  543  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0113626  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  75.3 
 
 
336 aa  508  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  75.3 
 
 
336 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  75.6 
 
 
336 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  75.3 
 
 
336 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.3 
 
 
336 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75 
 
 
336 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.3 
 
 
336 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  75.3 
 
 
336 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  74.7 
 
 
336 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  74.11 
 
 
336 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  74.48 
 
 
337 aa  500  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0257  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  75.6 
 
 
336 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0183254  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3302  dipeptide ABC transporter, permease protein  74.85 
 
 
338 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  75.6 
 
 
336 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3377  dipeptide ABC transporter, permease protein  74.85 
 
 
338 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0244  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  75.89 
 
 
336 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2970  dipeptide ABC transporter, permease protein  74.85 
 
 
338 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2120  dipeptide ABC transporter, permease protein  74.85 
 
 
338 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192679  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  70.24 
 
 
336 aa  483  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  69.05 
 
 
336 aa  463  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.56 
 
 
336 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.86 
 
 
336 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  66.37 
 
 
351 aa  457  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  66.37 
 
 
336 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  65.78 
 
 
339 aa  449  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  66.67 
 
 
339 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  66.67 
 
 
339 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  65.78 
 
 
339 aa  449  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  65.78 
 
 
339 aa  447  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  65.78 
 
 
339 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  66.08 
 
 
339 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  64.37 
 
 
334 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.37 
 
 
334 aa  444  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 
339 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  64.9 
 
 
339 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  64.9 
 
 
339 aa  443  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 
339 aa  443  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 
339 aa  443  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.07 
 
 
334 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  65.67 
 
 
335 aa  442  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  65.18 
 
 
336 aa  441  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 
339 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  64.9 
 
 
339 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 
381 aa  442  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 
339 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 
339 aa  443  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 
339 aa  443  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 
339 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 
339 aa  443  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  64.6 
 
 
339 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  63.58 
 
 
335 aa  431  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.37 
 
 
334 aa  433  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.48 
 
 
335 aa  434  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  63.58 
 
 
335 aa  430  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  62.99 
 
 
335 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.57 
 
 
334 aa  430  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  62.69 
 
 
335 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.69 
 
 
335 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  61.38 
 
 
334 aa  427  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1527  nickel-transporting ATPase  60.71 
 
 
338 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.75 
 
 
338 aa  392  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0353588 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  55.86 
 
 
333 aa  380  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.03 
 
 
334 aa  354  1e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.54 
 
 
334 aa  334  1e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
333 aa  332  6e-90  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.04 
 
 
334 aa  326  4.0000000000000003e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.16 
 
 
345 aa  325  5e-88  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.16813  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.23 
 
 
334 aa  322  7e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.64 
 
 
334 aa  312  5.999999999999999e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00673258  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.96 
 
 
334 aa  309  5e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.67 
 
 
332 aa  308  1.0000000000000001e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.43 
 
 
335 aa  301  8.000000000000001e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  45.51 
 
 
339 aa  297  2e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.65 
 
 
334 aa  291  1e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.143224 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.43 
 
 
346 aa  291  1e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5350  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.56 
 
 
359 aa  286  5e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.49 
 
 
338 aa  283  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0727691 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
308 aa  280  2e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.27 
 
 
309 aa  281  2e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
347 aa  279  5e-74  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.699223  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.87 
 
 
339 aa  278  1e-73  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.76239  normal  0.869294 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0717  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  43.92 
 
 
337 aa  276  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.529173  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.14 
 
 
337 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.208624  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.45 
 
 
334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751345  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
337 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298379  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 
334 aa  271  1e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.273901  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1964  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.66 
 
 
334 aa  271  1e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
315 aa  271  1e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  44.61 
 
 
313 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>