More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4227 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  70.69 
 
 
510 aa  693  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  81.87 
 
 
502 aa  831  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  78.9 
 
 
511 aa  800  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  97.39 
 
 
502 aa  979  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  100 
 
 
531 aa  1071  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  79.52 
 
 
506 aa  796  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  81.27 
 
 
502 aa  827  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  97.6 
 
 
502 aa  982  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  98 
 
 
502 aa  983  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  84.57 
 
 
502 aa  858  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  77.34 
 
 
505 aa  768  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  78.47 
 
 
511 aa  798  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.86487e-05 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.79 
 
 
532 aa  405  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  41.51 
 
 
518 aa  392  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  42.03 
 
 
518 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.44 
 
 
522 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  42.44 
 
 
517 aa  385  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  42.44 
 
 
520 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  42.28 
 
 
519 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.86 
 
 
522 aa  379  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  41.97 
 
 
519 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  42.08 
 
 
519 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  41.97 
 
 
519 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.77 
 
 
536 aa  378  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.97 
 
 
523 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.39 
 
 
525 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.39 
 
 
525 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.39 
 
 
522 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.39 
 
 
525 aa  372  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  42.29 
 
 
521 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  43.05 
 
 
519 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.93 
 
 
514 aa  360  2e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  43.33 
 
 
515 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  39.42 
 
 
516 aa  358  2e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.2 
 
 
513 aa  358  2e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.31 
 
 
513 aa  357  3e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.31 
 
 
513 aa  357  4e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42 
 
 
513 aa  356  6e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  41.31 
 
 
513 aa  356  6e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.31 
 
 
513 aa  356  6e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.31 
 
 
513 aa  356  6e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42 
 
 
513 aa  356  6e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.31 
 
 
513 aa  356  6e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42 
 
 
513 aa  356  6e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42 
 
 
513 aa  356  6e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  41.31 
 
 
513 aa  356  6e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  41.31 
 
 
513 aa  356  6e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.51 
 
 
513 aa  355  8e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  40.62 
 
 
525 aa  355  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  39.81 
 
 
512 aa  352  1e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  38.73 
 
 
513 aa  348  1e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  40.72 
 
 
514 aa  347  3e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  38.2 
 
 
514 aa  347  3e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  38.61 
 
 
513 aa  347  4e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  38.27 
 
 
514 aa  345  1e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  38.93 
 
 
512 aa  343  4e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  39.09 
 
 
512 aa  340  5e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  39.51 
 
 
512 aa  339  9e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  38.21 
 
 
512 aa  336  5e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.97691e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  38.19 
 
 
512 aa  336  8e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  38.19 
 
 
512 aa  336  8e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  38.19 
 
 
512 aa  336  8e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  7.67573e-11 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  38.19 
 
 
512 aa  336  8e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  38.37 
 
 
512 aa  334  3e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  38.37 
 
 
512 aa  334  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  1.06827e-07 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  38.19 
 
 
512 aa  333  4e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.46 
 
 
541 aa  333  5e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  38.37 
 
 
512 aa  333  6e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  3.13655e-05 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  36.28 
 
 
515 aa  332  9e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  38.19 
 
 
512 aa  332  1e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  36.66 
 
 
527 aa  330  3e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.14 
 
 
539 aa  317  3e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  37.67 
 
 
525 aa  309  9e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.21 
 
 
532 aa  300  5e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.8 
 
 
540 aa  291  1e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.01296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  36.48 
 
 
698 aa  290  6e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.68 
 
 
467 aa  284  3e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.81 
 
 
710 aa  276  5e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.04 
 
 
525 aa  275  1e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  1.47012e-08 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  35.33 
 
 
696 aa  274  3e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.16 
 
 
604 aa  274  3e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0304  putative PAS/PAC sensor protein  35.28 
 
 
459 aa  273  8e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.48 
 
 
582 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.15 
 
 
501 aa  270  7e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2756  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.18 
 
 
462 aa  268  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.44 
 
 
577 aa  268  2e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0400  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.51 
 
 
455 aa  267  3e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0351818  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0355  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.28 
 
 
455 aa  267  4e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2053  transcriptional regulator  35.96 
 
 
696 aa  266  6e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  6.40776e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1332  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.11 
 
 
439 aa  266  8e-70  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0294  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.06 
 
 
455 aa  265  1e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0311  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.06 
 
 
455 aa  265  2e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0326  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.06 
 
 
455 aa  265  2e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.48 
 
 
501 aa  265  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0358  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.83 
 
 
455 aa  265  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  46.33 
 
 
453 aa  264  2e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0298  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.06 
 
 
455 aa  265  2e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.53 
 
 
455 aa  264  4e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0399  putative PAS/PAC sensor protein  34.96 
 
 
695 aa  263  6e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.13 
 
 
454 aa  263  8e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>