More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3891 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 155 aa  314  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  72.67 
 
 		 158 aa  224  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  71.52 
 
 		 157 aa  222  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1780  cyclic nucleotide-binding protein  68.21 
 
 		 156 aa  213  8e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  73.05 
 
 		 144 aa  212  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  31.29 
 
 		 164 aa  75.5  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.3 
 
 		 228 aa  74.7  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0452  cAMP-binding protein  32.23 
 
 		 160 aa  73.2  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000045265  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.85 
 
 		 228 aa  71.2  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.84 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 226 aa  71.2  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.62 
 
 		 225 aa  70.1  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.85 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.11 
 
 		 253 aa  68.6  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1689  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.792602 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.09 
 
 		 225 aa  67.8  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 224 aa  67  0.00000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 230 aa  67  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.12 
 
 		 228 aa  67  0.00000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 224 aa  67  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.66 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  35.11 
 
 		 407 aa  66.2  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  29.37 
 
 		 167 aa  65.5  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  30.61 
 
 		 167 aa  65.1  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.37 
 
 		 171 aa  64.7  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 247 aa  64.3  0.0000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.34 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  37.89 
 
 		 146 aa  63.2  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  27.54 
 
 		 322 aa  62.4  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.74 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  38.95 
 
 		 577 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0750  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0411  cyclic nucleotide-binding protein  30.09 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0419  cyclic nucleotide-binding protein  30.09 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.97 
 
 		 243 aa  62  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  39.09 
 
 		 157 aa  62  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.91 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.12 
 
 		 225 aa  61.6  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1926  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.49 
 
 		 168 aa  61.2  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 228 aa  60.8  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 226 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0277  cyclic nucleotide-binding protein  31.86 
 
 		 210 aa  60.5  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 252 aa  60.5  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.08 
 
 		 231 aa  60.5  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.96 
 
 		 1056 aa  60.5  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  31.37 
 
 		 435 aa  60.1  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  31.31 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.21 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0234  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.22 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.81 
 
 		 238 aa  60.1  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.1 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0636  cyclic nucleotide-binding protein  30.08 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0611  hypothetical protein  27.61 
 
 		 738 aa  59.7  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.56 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  30.23 
 
 		 413 aa  59.3  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3761  cAMP-binding domain-containing protein  27.27 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.074854 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.26 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.24 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1472  CAAX amino terminal protease family  29.55 
 
 		 381 aa  58.5  0.00000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.407531  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  27.78 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  33.68 
 
 		 215 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0296  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 		 624 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.339618 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.85 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 242 aa  57.8  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 225 aa  57.8  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  30.84 
 
 		 251 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  30.84 
 
 		 251 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  30.84 
 
 		 251 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  30.84 
 
 		 251 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  30.84 
 
 		 251 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.85 
 
 		 242 aa  57.4  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 		 1075 aa  57  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4039  cyclic nucleotide-binding protein  28.17 
 
 		 161 aa  57  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17311  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25 
 
 		 232 aa  57  0.00000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  33.57 
 
 		 868 aa  57  0.00000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.12 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4053  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  33.68 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  31.76 
 
 		 226 aa  57  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0235  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 171 aa  56.6  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.742856 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  29.37 
 
 		 164 aa  56.6  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0173  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.37 
 
 		 211 aa  57  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.106244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.78 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  26.98 
 
 		 160 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1342  cyclic nucleotide-binding  30.47 
 
 		 731 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0067  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 415 aa  55.5  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  30.22 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.28 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0691  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.275069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  28.57 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.25 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>